В Константинополе тем временем разворачивались интересные события. В феврале 641 года умер император Ираклий I, просидевший на престоле три десятка лет. Вдова императора Мартина, которая также приходилась ему племянницей, попыталась взять власть в свои руки, но это ей не удалось. Византийский престол, в качестве соправителей, заняли сыновья покойного Ираклия – двадцатидевятилетний Константин II, рожденный первой женой Ираклия Евдокией, и четырнадцатилетний Ираклий II, матерью которого была Мартина. Вскоре после воцарения Константин скончался, и власть все же перешла к Мартине, опекавшей своего несовершеннолетнего сына-императора. Мартина, имевшая своей главной задачей удержание доставшейся ей власти, была заинтересована в скорейшем заключении перемирия с арабами. Эту задачу она поручила возвращенному из ссылки александрийскому патриарху Киру, который прибыл в Александрию 13 сентября 641 года, а на следующий день в Константинополе произошел переворот. Противники Мартины подняли восстание, захватили императорский дворец и усадили на престол десятилетнего Константа, сына Константина III, регентом при котором стал константинопольский патриарх Павел II. Мартине вырвали язык, Ираклия ослепили и сослали обоих на остров Родос, где они вскоре умерли или, скорее всего, были убиты.
Только что взошедшему на престол ребенку не было никакого дела до далекого Египта, а патриарх-регент не обладал нужными качествами для противостояния арабам, так что Киру никто не мешал исполнять поручение, полученное от Мартины. Византийцы прекращали все военные действия против арабов, оставляли Александрию и обязывались уплатить арабам дань. Эти условия вызвали возмущение у жителей Александрии, которые едва не побили Кира камнями, но ему обеспечили защиту арабы. Нет сведений о том, как заключенный Киром договор был принят в Константинополе, но это не так уж и важно. Важно то, что византийцы покинули Египет.
«Я захватил город, от описания которого воздержусь, – написал Амр ибн аль-Ас халифу Умару после того, как 29 сентября 642 года вошел в оставленную византийцами Александрию. – Достаточно сказать, что я захватил там четыре тысячи усадеб и четыре тысячи бань, сорок тысяч платящих джизью евреев и четыре сотни мест, пригодных для развлечений царей».
Летом 642 года, незадолго до сдачи Александрии, Амр ибн аль-Ас отправил своего двоюродного брата Амра Укба ибн Нафи в Нубию. Нубийцы оказали арабам яростное сопротивление, избрав тактику партизанской войны. Стремительные нубийские всадники появлялись из ниоткуда, обстреливали арабов из луков и исчезали, подобно джиннам. Амр ибн аль-Ас горел желанием идти дальше на запад, ведь все покоренные земли должны были перейти под его власть, но халиф Умар, более осторожный, чем Амр, и не желавший чрезмерного усиления своего прыткого эмира, приказал ему прекратить походы и заняться укреплением власти над Египтом.
Укрепляя свою власть, арабы не озаботились укрепить Александрию и завести здесь морской флот, чем в свое время попытались воспользоваться византийцы.
Прибрежная Александрия, в которой проживало много евреев и христиан, не очень-то годилась на роль столицы, вдобавок путь между нею и Аравией лежал через Нил. Для строительства новой столицы Египта, получившей название Фустат, Амр ибн аль-Ас выбрал территорию близ крепости Вавилон, в том месте, где Нил, разделяясь на рукава и протоки, образует дельту. В стратегическом плане месторасположение Фустата было идеальным, да и для торговли город, стоящий у реки, на пути из Александрии на Ближний Восток, подходил идеально.
Выше было упомянуто о мечети Садат Курайш в Бильбейсе, но на звание первой мечети на Африканском континенте также претендует фустатская мечеть, названная в честь Амра ибн аль-Аса. Согласно преданию, эта мечеть была построена на том месте, где стоял шатер при штурме Вавилонской крепости. На крыше шатра свил гнездо белый голубь, что было расценено как благословляющее знамение Всевышнего. Когда арабы, взяв Вавилон, пошли дальше, аль-Ас приказал оставить шатер на месте, и впоследствии с этого шатра началась арабская столица Египта. Изначально мечеть Амра ибн аль-Аса была построена из пальмовых стволов и необожженного кирпича и крыта пальмовыми листьями. Впоследствии ее много раз достраивали и перестраивали. То, что можно увидеть в наши дни, было построено в прошлом веке.