По распоряжению А. В. Колчака после отпевания 1 ноября (19 октября) невинные жертвы обрели покой в склепе, устроенном под южной стороной Свято-Троицкого собора, вход в который замуровали кирпичом. Однако полыхавшая повсюду Гражданская война быстро меняла положение вещей. В июле 1919 года Красная армия вновь подошла к Алапаевску, заставив генерал-лейтенанта М. К. Дитерихса, не желавшего оставлять княжеские останки на поругание, распорядиться о их немедленной эвакуации. Печальная миссия доверялась находившемуся тогда в городе после долгого укрывательства от репрессий игумену Серафиму Кузнецову. Так они встретились снова — Великая княгиня, просившая скитоначальника похоронить её по-христиански, и пермский священник, никогда не забывавший о её словах и всё-таки даже в самых страшных мыслях не предполагавший, что исполнять волю Елизаветы Фёдоровны придётся именно ему. Да ещё при таких чрезвычайных обстоятельствах... 14 июля отец Серафим в товарном вагоне вывез из Алапаевска восемь гробов, а буквально на следующий день в город вошли красные.
Скорбный маршрут пролегал в Читу. Добирались полтора месяца — с частыми остановками, при невыносимой жаре, при постоянном риске попасть в руки большевиков. Когда прибыли на место, гробы по указанию атамана Г. М. Семенова тайно перевезли в Покровский женский монастырь и спрятали под полом в одной из келий. В ней же поселился отец Серафим. Посетивший монастырь капитан П. Булыгин позднее вспоминал: «Я провёл много часов в его келье, и даже не раз ночевал там. Те ночи в монастырских кельях дали совершенно необычные переживания мирскому жителю. Я никогда не забуду тех старых, как мир, деревянных строений напротив соснового леса и тех голубых островков снега, залитых лунным светом на монастырском кладбище, с острыми тенями крестов и сосен... Однажды ночью я проснулся и обнаружил монаха, сидящего на краю своей постели. Он выглядел худым и измождённым в своей длинной белой рубахе и незаметно шептал: “Да, да, Ваше Высочество, вы совершенно правы...” Отец Серафим явно разговаривал с Великой княгиней Елизаветой. Это была жутковатая картина в тусклом свете единственной лампады, мерцавшей в углу перед иконой».
Белая армия продолжала отступать. Оставляя Сибирь, отдельные части перебирались в Китай, и генерал М. К. Дитерихс посчитал правильным перевезти туда же останки алапаевских мучеников. В апреле 1920 года через Харбин и Мугден отец Серафим доставил восемь гробов в китайскую столицу, где их с почестями похоронили на кладбище Русской Духовной миссии в двух километрах от Пекина. Была пятница Светлой седмицы. «Когда гробы с останками Царственных мучеников были внесены в церковь, — напишет позднее начальник Миссии архиепископ Иннокентий (Фигуровский), — и когда раздалось пение тропаря: “Да воскреснет Бог”, — настроение наше резко изменилось, и на душе стало радостно. Верилось, что Господь не допустит окончательной гибели России, и Россия вновь восстанет в прежнем величии и мощи, славя Воскресшего из мёртвых».
В кладбищенской церкви Серафима Саровского устроили специальный склеп, но и он не стал для Елизаветы Фёдоровны окончательным местом упокоения. Её сестра Виктория, убедившись в гибели дорогой Эллы, сочла пекинское пригородное кладбище совсем неподходящей территорией для могилы Великой княгини. Выполнить же волю Елизаветы, желавшей быть похороненной в Москве, в своей Марфо-Мариинской обители, было, разумеется, невозможно, и, поразмыслив, Виктория нашла самое оптимальное решение — Иерусалим. Он соединял всё — глубокую веру сестры и её подвижничество, включавшее заботу о Святой земле, присутствие членов Палестинского общества, которое недавно находилось под её руководством и которому можно было доверить её усыпальницу, прекрасную русскую церковь, посвящённую памяти её свекрови, российской императрицы и урождённой гессенской принцессы. Наконец, по итогам войны Иерусалим находился под английским мандатом, что устраняло политические сложности.
