Геномы прокариот организованы таким образом, что каждый ген (или последовательность нуклеотидов в ДНК) обычно представлен в одной копии на гаплоидный геном. У эукариот дело обстоит сложнее. В основном геном состоит из единичных генов, но довольно значительная его часть (например, 25% у дрозофилы и 40% у мыши) состоит из последовательностей, повторяющихся от 102 до 106 раз на гаплоидный геном. Наиболее высокоповторяющисся последовательности (например те, что составляют 10% генома мыши, повторяясь 106 раз) - это последовательности сателлитной ДНК; они состоят из простых тандемных повторов, расположенных в виде дискретных блоков в определенных участках хромосом. Между последовательностями, представленными в геноме одной копией (уникальными), разбросаны умеренно-повторяющиеся последовательности, число копий которых варьирует от нескольких сотен до нескольких тысяч. Эксперименты с гибридизацией могут быть использованы для изучения эволюционных изменений, происходивших как в уникальных, так и в повторяющихся последовательностях. При этом можно получить данные двух типов. Исследуя кинетику гибридизации, можно определить число копий, а тем самым и то, как в процессе эволюции изменялась представленность данной последовательности в ДНК того или иного организма. Кроме того, эксперименты с гибридизацией не ограничены соединением комплементарных цепей ДНК, принадлежащих одному организму. Разделенные цепи ДНК из двух разных организмов можно смешать и дать им возможность соединяться. При достаточной степени родства между организмами это приведет к образованию двухцепочечных ДНК. Степень дивергенции между близкими, но не идентичными цепями таких гибридов можно легко оценить, потому что любое отклонение в последовательности нуклеотидов означает, что гибридные ДНК будут содержать несколько нуклеотидов, которые не образуют пар. Неспаренные основания снижают общую стабильность гибридной молекулы. Снижение стабильности можно измерить по последующему снижению температуры плавления такой ДНК, т. е. температуры, при которой две ее цепи разделяются. Отсутствие соответствия у 1,5% оснований приводит к снижению температуры плавления по сравнению с нативной ДНК на 1°С. Это очень мощный метод: он позволяет определить степень дивергенции нуклеотидов в ДНК любых двух организмов независимо от определения аминокислотных последовательностей белка или прямого определения последовательности ДНК.
За несколькими исключениями, такими как гены, кодирующие гистоны, структурные гены находятся в той части генома, которая состоит из последовательностей, представленных в единственном числе. Поэтому изучение скорости замены нуклеотидов в уникальной ДНК представляют особый интерес. В 1969 г. Лэрд, Мак-Конофи и Маккарти (Laird, McConaughy, McCarthy) обнаружили, что уникальные последовательности у парнокопытных эволюционировали со скоростью примерно 2,5 · 10 -9 замен на одну пару нуклеотидов в год, тогда как Кон (Kohne) и его сотрудники установили, что у приматов эта скорость составляла от 1 · 10 -9 до 3,6 · 10 -9. Поскольку неполнота палеонтологической летописи приматов заставляет сомневаться в точности датирования ряда интересных точек дивергенции, в том числе и точки дивергенции человека и человекообразных обезьян, среднюю частоту замены нуклеотидов для всех приматов следует, вероятно, принять равной примерно 2 · 10 -9 на пару нуклеотидов в год. Такие же сомнения в смысле оценок времени дивергенции вызывают работы по эволюции уникальной ДНК у морских ежей (Angerer, Davidson, Britten) и у лягушек (Galau), в которых частота замены оценивается в 1 · 10 -9 - 3 · 10 -9 на пару нуклеотидов в год.
