Хотя оценки скорости эволюции уникальной ДНК совпадают друг с другом и со средней частотой замены нуклеотидов, выведенной на основании эволюции белков, частота их замены у некоторых грызунов оказалась в 10 раз выше (Laird). Подобным же образом Сарич (Sarich) установил, что иммунологическое расстояние между альбуминами мыши и крысы на порядок выше, чем между альбуминами человека и шимпанзе. Это несоответствие опять-таки может быть частично обусловлено неточностью оценок времени дивергенции, связанной с неполнотой палеонтологической летописи по этой группе. Лэрд и его сотрудники считают, что крысы дивергировали от мышей примерно 10 · 106 лет назад, но на основании данных, полученных с использованием молекулярных часов, Сарич предполагает, что дивергенция между ними произошла 30 · 106 лет назад. Джекобе и Пилбим (Jacobs, Pilbeam) указывают, однако, что новые палеонтологические данные убедительно свидетельствуют о том, что дивергенция этих двух групп имела место в период 8-14 · 106 лет назад. Это означает, что молекулярные часы у грызунов идут быстрее, чем у других организмов. Кроме того, недавняя работа Хэйка (Hake) по молекулярной эволюции кукурузы показала, что, по крайней мере у некоторых растений, молекулярные часы идут на несколько порядков быстрее, чем это обычно наблюдается у животных. И наоборот, у некоторых групп организмов, например у ряда воробьиных Нового Света (Avise et al.), ход этих часов замедлен. Возможно, что ход молекулярных часов, как это предполагают некоторые авторы, зависит от времени генерации и стратегий размножения, а не от абсолютного числа истекших лет.
Эволюция умеренно-повторяющихся последовательностей ДНК сложнее, чем эволюция уникальной ДНК, потому что в ней участвуют события, приводящие, по-видимому, к скачкообразному возникновению новых семейств повторяющихся последовательностей, после чего происходит дивергенция последовательностей путем замены нуклеотидов. Повторяющиеся последовательности возникают, вероятно, в результате амплификации предсуществующих уникальных последовательностей. Эти события происходили во многих линиях и привели к возникновению большого числа семейств повторов. Происхождение таких семейств у приматов Старого Света схематически изображено на рис. 3-2, взятом из работы Джиллеспи (Gillespie). Используя метод гибридизации, Джиллеспи сравнивал повторяющиеся ДНК высших приматов и обнаружил, что некоторые семейства повторов были общими для нескольких линий, тогда как некоторые другие встречаются только у какой-то одной группы. Так, гиббоны, шимпанзе и человек имеют общее семейство повторов; другое семейство присуще только шимпанзе и человеку, а третье встречается у человека. События, в результате которых возникли эти семейства повторов, обозначены на рис. 3-2 номерами 1 - 3. На схеме изображены также аналогичные события для других групп, таких как павианы и их родичи. У макаки, павианов и мангобея имеется семейство повторов, возникшее в результате события 5. У мартышки это семейство повторов ДНК отсутствует, но у нее есть собственное семейство повторов, возникшее после дивергенции линии мартышек от линии павианов. У всех приматов, включенных в схему на рис. 3-2, обнаружены даже еще более давние общие семейства повторов, возникшие до дивергенции этих групп.
Рис. 3-2. Периоды времени, прошедшие от возникновения у приматов семейств повторяющихся последовательностей ДНК до наших дней. Цифрами в кружках обозначены скачкообразные события (репликации), в результате которых возникли отдельные семейства повторов. Так, семейство повторов, возникшее в результате события 1, имеется у человека, шимпанзе и гиббонов, а семейство, связанное с событием 2, - только у человека и шимпанзе. Некоторые события произошли слишком недавно, так что возникшие при этом семейства повторов имеются только в какой-нибудь одной группе (например, событие 3) (Gillespie, 1977).
Несмотря на то что одно семейство повторов может быть общим для нескольких организмов, на кривых плавления гибридных ДНК из близких повторов от двух данных организмов выявляется снижение температуры плавления. Это показывает, что после возникновения семейства повторов последовательности, из которых они состоят, начинают дивергировать путем накопления замен нуклеотидов. Интересно отметить, что умеренно-повторяющиеся ДНК, с которыми работал Джиллеспи, эволюционировали с такой же скоростью, как и уникальные последовательности ДНК. Это соответствие хода молекулярных часов наблюдается также у совершенно другого, но специфичного семейства повторов - структурных генов, кодирующих гистоны у морских ежей (Weinberg et al.).
