В 1889 г. Ковалевский стал деканом медицинского факультета Харьковского университета, а затем ректором Варшавского университета (1892–1897). С 1903 по 1906 г. он заведовал кафедрой психиатрии Казанского университета, затем читал курс судебной психопатологии на юридическом факультете Петербургского университета и работал старшим врачом психиатрического отделения Николаевского военного госпиталя в Санкт-Петербурге — наиболее передового медицинского учреждения тех времен.
Ковалевский написал свыше 300 книг, брошюр, журнальных статей по различным вопросам психиатрии, невропатологии. В их числе книги «Руководство к правильному уходу за душевными больными», «Судебная психиатрия», «Судебно-психиатрические анализы» (три издания), «Душевные болезни для врачей и юристов», «Психология пола», «Гигиена и лечение душевных и нервных болезней», «Основы механизма душевной деятельности», «Учебник психиатрии для студентов» (четыре издания). Ковалевский издал написанное им первое отечественное руководство по психиатрии.
Ковалевский одним из первых стал применять исторический анализ для составления психологического портрета выдающихся личностей. Заслуженную славу ему принесли «Психиатрические эскизы из истории» («Психиатрические этюды из истории»), В советское время эту книгу не публиковали, так как она противоречила материалистической концепции роли личности в истории.
Эта книга на конкретных примерах из жизни Ивана Грозного, Петра III, пророка Мухаммада, Жанны д’Арк, Павла I, персидского царя Камбиза и — что особо показательно — Сведенборга раскрывала динамику различных психических явлений, показала роль внешней среды и наследственности в формировании личности.
Знаменитый русский социолог и психолог размышлял о Сведенборге с различных ракурсов, полагая, что тот «представляет своей личностью очень многосторонний интерес. Он является первоклассным ученым своего времени, — он является религиозным проповедником и основателем новой веры, — он отличается способностью видеть видения и, наконец, он обладает даром предвидения».
Ковалевский выделяет и комментирует в качестве особо значимых такие сюжеты из жизни духовидца, описанные самим шведским мистиком:
С.: «За обедом, когда я ел, со мною заговорил ангел, находившийся при мне, напоминая, чтобы я не предавался чревоугодию. Засим я почувствовал как бы испарения изо всех пор моего тела. Это был вполне видимый водяной пар, который из моего тела падал прямо на пол, на котором внезапно явился ковер. Мои испарения собирались на ковре и обращались в червей. Черви извивались на ковре и затем со страшным шумом сгорели. На том месте, где были черви, явился огненный свет и даже был треск горения. Мне показалось, что все черви, которые могут быть порождены чрезмерным аппетитом, этим путем удалились, и я был очищен».
К.: Подобные видения были постоянно. Сведенборг мог вызвать их перед своими глазами столь часто, сколько того желал. Особенно часто он имел видение Эмеренции и беседовал с нею постоянно.
С.:
К.: В 1747 г. в дневнике Сведенборга мы встречаем записи, что на него по временам нападают злые духи и если нападения происходят на ноги, то наступала страшная боль в ногах, если на спину, то в спине, если на голову, то мучительная и продолжительная боль в голове.
Однажды Сведенборг узнал, что духи составили заговор убить его. Веря в высшую защиту, он спокойно заснул. Среди ночи он проснулся и сознал, что он не дышит, а вместо него и в нем дышит кто-то другой. При этом он услышал голос, что духи хотели его убить, поэтому ему дано небесное дыхание, которое убить никто не может.