Собрание федерации, доступ к которому был открыт для всех граждан, созывалось регулярно по случаю крупных торжеств, а во внеочередном порядке — всякий раз, когда стоял вопрос о принятии важного решения. Ахейское народное собрание созывалась четыре раза в течение «военного сезона»: в начале мая, начале июня, конце июля и конце сентября. Сперва оно проводилось у святилища Зевса Гомария у Эгиона, но после 189 года до н. э. его стали проводить поочередно в городах — участниках союза. Каждый город имел один голос; на собрании граждане различных государств-участников, достигшие 30 лет, голосовали раздельно, дабы обозначить мнение своей общины. Этолийский союз устраивал встречи дважды в год, не считая случаев, когда для этого имелась особая причина; осенние народные собрания с целью избрания должностных лиц проводились у союзного святилища близ Фермона, а другие — в различных городах поочередно. Декреты этолийского народного собрания имели силу на всей территории федеративного государства; время от времени народное собрание назначало совет «законописцев» (nomographoi), которые регистрировали новые нормы и проверяли, чтобы между новыми и старыми установлениями не было противоречий.
Совет старейшин (синедрион или буле) был важным органом федеративного государства. Он встречался чаще, чем народное собрание, принимал зарубежные посольства и сотрудничал с магистратами по важным политическим делам. В совете Этолийского союза государства-участники были представлены пропорционально их населению. К 167 году до н. э. совет насчитывал более 550 представителей, поэтому каждодневные вопросы решал более мелкий комитет из 30 советников (апоклетов).
Некоторые федеративные государства создали сложные структуры для упрощения мобилизации войск, лучшего представительства городов-участников в федеральных органах и установления гармоничных отношений между членами союза. Беотийский союз был разделен на семь округов (телосов), имевших приблизительно равное количество граждан. Каждый телос был также и военной единицей и имел представительство в совете семи «магистратов беотийцев» (беотархов). Четыре крупнейших города — Фивы, Орхомен, Танагра и Феспии — образовывали по округу, в то время как более мелкие города вместе были сгруппированы в другие три единицы. Восьмой округ добавился, когда к союзу в конце III века до н. э. присоединился Опунт. В Ахее территория федерации также была разделена на округа (synteleiai), каждый из которых был обязан вносить равный вклад в вооруженные силы.
От этой общей схемы имелись отступления. Рыхлая искусственная федерация Кикладских островов, известная как Несиотский союз, была создана Антигоном Одноглазым в конце IV века до н. э. для того, чтобы объединить его союзников в Эгейском море; в первой половине III века до н. э. эту организацию контролировали Птолемеи, а затем — Родос (ок. 188–167 гг. до н. э.). Несиотский союз не имел двойного гражданства, а несиарх («глава островитян») не избирался на год, но был птолемеевским чиновником, которого назначал царь; вместе с начальником флота (навархом) он представлял интересы Птолемеев на Эгейских островах. В горных областях Юго-Западного Крита в конце IV века до н. э. был создан «Союз горцев» (Koinon ton Oreion). Он включал в себя всего четыре или пять городов, которые имели общие гражданство и территорию, вместе заключали альянсы, чеканили монету федерации и развивали свое национальное чувство. Другая федерация Крита, «Союз кретаян», возникла в начале III века до н. э. Специально созданный политоним «кретаяне» (Kretaieis) отделял критян (Kretes), под которыми понимались жители острова Крит и выходцы с него, проживавшие за его пределами, от кретаян — граждан тех городов, что входили в союз. Это образование представляло собой, в сущности, альянс двух гегемонов — Гортины и Кносса — и часто распадалось вследствие их конфликтов лишь для того, чтобы возродиться под контролем иноземных царей. Оно не имело федеративного гражданства, общих магистратов и армии; его члены были представлены в совете, а общее народное собрание обсуждало вопросы, касавшиеся внешней политики. Главным достижением этого союза стало установление правил разрешения конфликтов между городами-участниками, гражданами разных полисов, а также между критскими гражданами и иностранцами.
