Он ощущал свою необходимость делу науки всегда, даже в те тяжелые дни 1991 года, когда толпа, то ли возбужденная свободой, то ли по чьему-то наущению, кричала под окнами кабинета президента Национальной академии наук Украины: «Патона с трона!»
Как вспоминает его соратник по институту, заслуженный деятель науки и техники Украины академик Б. И. Медовар: «Это был страшный год. Кто-то систематически клал венки из цветов у подножья памятника дважды Герою Социалистического Труда Б. Е. Патону – словно на могилу. Депутат Верховного Совета Украины Скорик, ее дочь и другие устроили пикетирование президиума. На плакатах надпись «Геть Патона!» И никто из высокого начальства не вступился ни за великого ученого, ни за академию! А ведь Б. Е. Патон – это глыба, целая эпоха, удивительное сочетание огромного таланта и замечательных человеческих качеств.
Так что его путь не устлан розами. Есть и много шипов…»
Сам же Борис Патон в одном из интервью того времени так отреагировал на нападки толпы: «Я не крыса, чтобы убегать с тонущего корабля!»
То время запомнилось украинским ученым и академикам холодными неотапливаемыми кабинетами и лабораториями, электропитанием, которое подавалось по расписанию, неработающими лифтами, отсутствием средств не только на новое оборудование, но и на канцтовары, многомесячными задержками заработной платы.
Как отмечается во вступительной статье «Життєвий i творчий шлях Бориса Євгеновича Патона» к «Бiблiографiï президента НАН Украïни академiка НАН Украïни Б. Є. Патона», за пять лет, с 1992 по 1996 год, финансирование науки государством по отношению к величине ВВП сократилось в 3,5 раза, а с учетом уменьшения самого ВВП в Украине примерно на две трети в действительности уменьшилось в 10 раз. В стране начался процесс «утечки мозгов»: в период с 1992 по 1996 год в европейские страны и США переехали 350 ученых, среди которых 200 кандидатов и 70 докторов наук. А из академии по причине невыплаты заработной платы уволились около 3500 ученых. Кризис в экономике Украины привел к тому, что за эти годы значительные потери понесла материально-техническая база академии, которая создавалась десятилетиями, а численность ее работников сократилась в 4 раза.
Ценой огромных усилий президиум академии и ее президент добились правового обеспечения существования академии как самоуправляемой научной организации, причем решающую роль в этом сыграл высокий авторитет Бориса Евгеньевича Патона. Именно он стал инициатором и основной движущей силой в реформировании академии применительно к новым условиям. Уже со второй половины 1990-х годов началось возрождение науки и повышение ее роли в решении важнейших задач, стоящих перед экономикой, политикой, культурой.
Продолженная под руководством Патона работа по реформированию Национальной академии наук Украины позволила ей остаться не только ведущей научной организацией страны, но и одним из признанных научных центров мира.
Дискуссии о феномене творческого долголетия Бориса Евгеньевича Патона, беспрецедентном не только для украинской, но и для мировой науки, не утихают вот уже более двадцати лет. Признавая наличие у него, что называется, Божьего дара, все, кто знал этого гениального ученого и организатора науки и работал под его руководством, сходятся в одном: вся его жизнь – непрерывное подвижничество. На каждом этапе развития страны и общества Б. Е. Патон современен и безгранично предан науке. И главной поддержкой на его нелегком и длинном пути ее служению было и остается чувство высочайшей ответственности за дело, которому так же, как и его отец, он посвятил всю свою жизнь.
О себе Борис Евгеньевич говорить не любит и не хочет. Но когда он размышляет о проблемах науки, о времени, в котором довелось жить и работать, о судьбах страны, о будущем – перед нами раскрывается гигантская личность ученого и человека.
В свое время Сергей Королев, говоря о качествах, необходимых организатору науки, отметил целеустремленность. Он перечислил ученых, которые, на его взгляд, сумели выбрать высокую цель и идут к ней… Первым среди современников Королев назвал Бориса Евгеньевича Патона. И прибавил: «Скоро все поймут, сколь много он дает стране, науке и как много даст в будущем». Главный конструктор считал наиболее привлекательной чертой Бориса Патона «рыцарственность». Он говорил также о бесстрашии, о широком благородстве и великодушии Патона.
Сам Борис Евгеньевич так писал о том, какими качествами должен обладать ученый: «В ученом я ценю прежде всего целеустремленность, идеи и одержимость. Ученый не должен бояться трудностей, бюрократизма, ведомственных барьеров, рутинерства. Он должен их преодолевать, а не ожидать того, чтобы это сделал кто-то другой. Ученый, наконец, должен всегда помнить о конечной цели своего исследования и его пользе для общества. Ученый должен быть принципиальным, честным и доброжелательным. Он должен любить людей и юмор».