Ответом на начало коллективизации в деревне стали вооруженные выступления кулачества. Только в Ленинградской области и только за сентябрь и октябрь 1929 года кулаками было совершено 100 террористических актов; в Средне-Волжском крае – 353, в Центрально-Черноземной области с июля по ноябрь – 749, в том числе 44 убийства. Только в Российской Федерации в 1929 году было зарегистрировано около 30 тысяч поджогов колхозного имущества. В различных районах страны создавались организации сопротивления коллективизации. Только на Северном Кавказе возник ряд подпольных организаций: «Союз хлеборобов», «Союз борьбы за освобождение крестьян», «Добровольно-освободительная армия» и другие. На Украине повстанческая организация готовила одновременное выступление в 32 селах разных районов республики. Эти организации выступали под лозунгами: «Ни одного фунта хлеба Советской власти», «Все поезда с хлебом – под откос».
Власти принимали меры по подавлению вооруженного сопротивления. Семьи кулаков выселяли в Сибирь и на Север европейской территории страны. К октябрю 1930 года в северные районы страны была выслана 115 231 семья. Многих крестьян загоняли в колхозы насильно, а темпы коллективизации ускорялись. Если к концу 1929 года уровень коллективизации составлял 7,6 %, то к 20 января 1930 года он достиг 21,6 %. На 1 февраля колхозы объединяли уже 32,5 % хозяйств, а к 20 февраля около 50 % крестьянских хозяйств страны было коллективизировано.
Однако несмотря на массовые высылки крестьянских семей, сопротивление коллективизации принимало все более широкие масштабы. Только с января по март 1930 года в Сибири произошло 65 крестьянских восстаний. В течение 1930 года на Средней Волге состоялось 718 крестьянских групповых выступлений против коллективизации. На Ставрополье вспыхнул широкий вооруженный мятеж. Восстания происходили на Украине, особенно в приграничных западных районах республики. Крестьянские восстания произошли в ряде районов Армении, Азербайджана, в Карачаевской и Чеченской автономных областях, в Дагестане и в ряде республик Средней Азии. Страна оказалась под угрозой всесоюзной «Жакерии».
Другой и более распространенной формой сопротивления коллективизации явилось массовое разрушение продовольственного фонда страны. Крестьяне, записанные в колхозы или ожидавшие такой записи, не желали сдавать своих животных в общее хозяйство, а потому их повсеместно начали убивать на мясо. Только в январе и феврале 1930 года было забито 14 миллионов голов крупного рогатого скота. Следствием массового забоя скота в годы коллективизации явилось резкое сокращение его поголовья по стране. В то время как в 1928 году в СССР было 32 миллиона лошадей, к 1934 году их осталось 15,5 миллиона. Поголовье крупного рогатого скота сократилось за этот период с 60 миллионов до 33,5 миллиона. За эти же годы поголовье свиней уменьшилось с 22 до 11,5 миллиона, а овец – с 97,3 миллиона до 32,9 миллиона.
В этих условиях 2 марта 1930 года в «Правде» была опубликована знаменитая статья Сталина «Головокружение от успехов. К вопросам колхозного движения», после которого насильственное вовлечение крестьян в колхозы было прекращено. Статья Сталина, а затем опубликованное 14 марта 1930 года постановление ЦК ВКП(б) «О борьбе с искривлениями партлинии в колхозном движении» означали отказ от попыток завершить сплошную коллективизацию сельского хозяйства страны в ближайшие месяцы. Сотни тысяч крестьян выходили из колхозов. Многие колхозы распускались. Если к 1 марта 1930 года коллективизированными было более половины всех крестьянских хозяйств, то в мае 1930 года уровень коллективизации сократился до 23,4 %.
Трудности коллективизации усугубились после обычного для природных условий нашей страны неурожая летом 1931 года, который вызвал в 1932-1933 годах массовый голод, сопоставимый по масштабам с голодом 1921 года. В городах было вновь введено распределение продуктов по карточкам и рацион продовольственного снабжения стал скудным. Срыв сельскохозяйственных поставок создал и трудности при выполнении заданий пятилетнего плана по индустриализации. И все же руководство страны старалось поддерживать высокий темп развития индустриализации. Коллективизация была возобновлена, хотя осуществлялась более медленными темпами. В значительной степени необходимость в продолжении коллективизации была обусловлена международными условиями, в которых оказался Советский Союз.