В XX столетии человеком и пастырем, равновеликим святителю Филарету, безусловно, стал святейший патриарх Алексий И. Он и начинал свое епископское служение, как Филарет, с ревельской кафедры. Именно по его благословению начались поиски останков и подготовка к канонизации митрополита Филарета. Проведение работ патриарх поручил своему научному эксперту по вопросам истории и археологии Сергею Алексеевичу Беляеву. В своем отчете о проделанной работе он писал: «Перед началом раскопок наместник Лавры архимандрит Феогност обратился с вопросом о судьбе могил к одному из участников реставрационных работ в Духовской церкви В. В. Балдину. 10 марта 1994 года от него был получен официальный ответ, в котором говорилось: «При устройстве выстилки вокруг Духовской церкви захоронения митрополита Филарета специально не искали и не вскрывали — это я свидетельствую как участник проводившихся здесь до августа 1941 года работ. <…> Уже после раскопок ко мне в руки попали архивные фотографии, на которых поэтапно фиксировано разрушение могилы митрополита Филарета. На последней фотографии представлено содержимое гроба, включая нетленную главу святителя. Народное предание не ошиблось. Время надругательства над могилами на фотографиях не указано, и мне оно не известно, однако есть основания полагать, что разорение произошло в период разрушения церкви во имя Филарета Милостивого… Думается, что после возрождения в Лавре монашеской жизни в 1945 году такое надругательство было невозможно, тем более что, как явствует из фотодокументов, оно было совершено после разбора стен Филаретовской церкви. В действующем монастыре на виду у всего народа сделать это, на наш взгляд, было бы невозможно, да и обстановка в стране в это время была совершенно иная, чем в тридцатые годы. На снимках же Лавра совершенно пустая, безлюдная…
После удаления Филаретовской церкви и других пристроек пространство вокруг Духовского храма превратилось в ровную, ничем не застроенную площадь, покрытую до недавнего времени асфальтом, а в настоящее время вымощенную небольшими бетонными плитами. Никаких видимых следов ни от Филаретовской церкви, ни тем более от могил не осталось. Таким образом, на первом этапе работы задача сводилась к локализации никак не обозначенных на современной поверхности контуров Духовской церкви и находящихся в ней могил. Ее решению очень помогли существующие описания мест захоронения и предоставленный В. В. Балдиным обмерный чертеж Духовской церкви».
Помимо патриаршего эксперта и наместника лавры в раскопках принимал участие архимандрит Кирилл (Павлов) — тот самый знаменитый сержант Павлов, герой Сталинградской битвы, в честь которого назван «дом Павлова». Кроме них при раскопках присутствовали архимандриты Георгий (Тертышников), Матфей (Мормыль), Наум (Байбородин), эконом игумен Георгий (Данилов), иеромонах Викентий (Мазур), иеромонах Иоасаф (Подгоров), представители Московской духовной академии и семинарии. Все они поставили свои подписи под составленным актом вскрытия:
«Мы, нижеподписавшиеся, свидетельствуем, что 10–14 октября 1994 года были произведены раскопки к югу от церкви Сошествия Святого Духа на месте церкви Филарета Милостивого, снесенной в 1938–1940 годах. На тех местах, с которыми письменные свидетельства и церковное предание связывают погребение святителя Иннокентия (Вениаминова) и наместника Свято-Троицкой Сергиевой Лавры архимандрита Антония (Медведева), действительно были обнаружены могильные сооружения (склепы). Но они были полуразрушены и опустошены. На месте, где, по свидетельству разного рода источников, должна была находиться могила митрополита Филарета (Дроздова), была обнаружена яма неправильной формы, суживающаяся книзу. Примерные размеры: глубина около 2,7 м от уровня современной поверхности, по линии В-3 — около 2,5 м, по линии С-3 — около 1,5 м. Яма была заполнена строительным мусором и землей, среди которых находились человеческие останки, святительское облачение и гробовые доски с ручками трех типов. 12 октября из нее были извлечены останки трех человек: черепа, большие кости, ребра и ряд других фрагментов. 13 октября обнаруженные костные останки были омыты по чину омовения мощей и разложены по порядку. После анализа останков и сопоставления их с портретами митрополита Филарета (Дроздова), митрополита Иннокентия (Вениаминова) и архимандрита Антония (Медведева), находящимися в Патриарших покоях, была признана принадлежность останков святителю Иннокентию, митрополиту Филарету и архимандриту Антонию. В дальнейшем справедливость этого утверждения, равно как и правомерность отнесения определенных останков конкретным лицам, была подтверждена специалистами-антропологами. Большинство из найденных фрагментов облачения принадлежит митрополиту Филарету (Дроздову). Принадлежность деревянной панагии пока не определена. Черная мантия принадлежала, по-видимому, архимандриту Антонию».
