С захоронением митрополита Филарета все оказалось сложнее. Раскопки, как и в двух предыдущих случаях, начались на том месте, которое было определено по описаниям и плану, предоставленному В. В. Балдиным. Однако при первых же ударах лопаты выяснилось, что в западной части этого участка проходит современная теплоцентраль; впоследствии удалось установить, что она была сооружена в 1956–1957 годах.
Доведя раскопки до глубины около 0,3–0,4 м, мы поняли, что никаких остатков погребального сооружения найти не удастся — могила была полностью уничтожена.
Примерно на этом же уровне стали выявляться контуры ямы. Ее границы довольно четко прослеживались по характеру заполнения: раскапываемая площадь была заполнена строительным мусором, включающим битый кирпич, куски асфальта, отески камней, куски извести и другие строительные материалы, а грунт вокруг состоял из довольно чистой земли темного цвета с небольшой примесью глины. Отличались эти грунты и по плотности: грунт в яме был относительно рыхлый, а вокруг нее — плотный, слежавшийся, с примесью глины и без каких-либо включений.
Примерно на глубине 0,4–0,5 м стали попадаться человеческие кости, доски от гробов, а также куски облачений. Это продолжалось до самого дна ямы. Человеческие останки находили в виде отдельных костей и небольших групп костей. В одном случае удалось зафиксировать кисть руки с правильным расположением всех малых костей, сохранивших не только правильное анатомическое положение, но и идеально выдержанный порядок взаимного расположения, к тому же эта кисть находилась почти в строго вертикальном положении. Совершенно ясно, что человек так расположить кости не мог. Объяснить этот факт можно только тем, что кисть была сброшена в яму нетленной.
Многие доски были с металлическими ручками; в процессе раскопок было найдено три разных типа таких ручек.
В двух случаях на досках от гроба были большие пробоины. Ниже досок с пробоинами были обнаружены большие камни, а под ними — выбитые части досок. Это может свидетельствовать только об одном: камни с силой бросали в яму, когда в ней уже лежали сброшенные человеческие останки и доски от гробов. Всего в яме было найдено 14–15 таких камней, из них по крайней мере 3–4 камня весом не менее 100 кг — четверо сильных мужчин еле-еле подняли их наверх.
В толще мусорного слоя на разной глубине было обнаружено два разбитых черепа, причем осколки одного из них позднее были найдены на самом дне ямы. В восточной части ямы на самом дне оказался череп с хорошо сохранившимися на затылочной части волосами, который еще до расчистки был идентифицирован как принадлежавший митрополиту Филарету. Впоследствии это полностью подтвердилось.
В западной части яма частично заходила под теплоцентраль, но с соблюдением всех мер предосторожности и этот участок был расчищен.
Дно ямы оказалось песчаным, три стенки — восточная, северная и западная — земляными, а южная — кирпичной, но это не стена могилы, а кирпичный фундамент Филаретовской церкви. В верхней части яма имеет размеры 2,25 х 1,6 м, книзу сужается, и размеры ее по дну значительно меньше верхних. Глубина ямы от современной поверхности составляет около полутора метров.
Разборка нижней части раскопа, где было обнаружено большинство человеческих останков, досок и епископских облачений, пришлась на вторую половину дня 12 октября 1994 года. Братия Лавры и учащиеся Духовных школ все время находились рядом. Особенно много народу собралось к вечеру того дня, когда количество находок стало увеличиваться. После окончания вечерней службы к братии и учащимся присоединились еще и богомольцы, так что общее число пассивных участников раскопок достигало порядка 200 человек.
Все находимые в яме доски и части архиерейских облачений (последние иногда вместе с комьями земли, от которых их подчас было трудно отделить) переносились в Духовскую церковь. Там все это раскладывалось в строгом порядке по определенным местам. Что же касается человеческих останков, то, вынув из мусорного заполнения ямы, их клали на разостланную у края ямы чистую простынь; в храм уносили только мелкие кости.
По мере углубления и нахождения все большего количества мощей становилось ясно, что обнаружена значительная часть трех человеческих скелетов, являющихся святыми мощами святителя Иннокентия и мощами митрополита Филарета и архимандрита Антония. На это указывало и наличие архиерейских облачений, и ряд других признаков. В частности, глава митрополита Филарета была как бы завернута и неотделима от одежды фиолетового цвета, которая во время раскопок была принята за архиерейскую мантию, а впоследствии оказалась подрясником.
Когда стало ясно, кому могут принадлежать обнаруженные мощи, началось непрерывное совершение заупокойных служб — литий и панихид. Службы совершались попеременно духовенством Лавры и Академии. Богослужение продолжалось все последние два часа раскопок. Во время кратких перерывов пел народ.
