К концу дня эта часть трудов была закончена. Отождествленные мощи клались на тот же расположенный посередине храма на возвышении и покрытый пеленой щит, на который их поместили после внесения в храм и с которого потом сняли для омовения.
Мощи располагались в правильном анатомическом порядке по лицам: слева — архимандрита Антония, в центре — митрополита Филарета, справа — святителя Иннокентия. Потом мощи святителя Иннокентия и митрополита Филарета были покрыты архиерейскими мантиями, мощи архимандрита Антония — архимандричьей, а главы — белыми воздухами. Затем были возжены лампады, свечи на поставленных в изголовье подсвечниках и кадильницы с благовониями.
Поздно вечером, около 22 часов, Духовскую церковь посетил Священноархимандрит Лавры Святейший Патриарх Алексий. Святейший Патриарх сначала осмотрел раскопанные гробницы и яму, из которой были извлечены честные мощи. Потом он вошел в храм и выслушал подробный рассказ о проделанной работе. После этого была пропета «Вечная память» митрополиту Филарету и архимандриту Антонию и «Величание» святителю Иннокентию. Так первый раз после многих десятилетий глумления были прославлены святые мощи святителя Иннокентия и мощи митрополита Филарета и архимандрита Антония.
Однако, хотя никто из присутствовавших не сомневался в принадлежности обретенных мощей святителю Иннокентию, митрополиту Филарету и архимандриту Антонию и в том, что мощи правильно идентифицированы, для большей убедительности следовало пригласить специалистов-антропологов. Святейший Патриарх дал на это свое благословение.
Тогда я обратился к члену-корреспонденту Российской Академии наук Татьяне Ивановне Алексеевой, возглавляющей антропологическую лабораторию МГУ и антропологическую лабораторию в Институте археологии РАН. Т. И. Алексеева любезно согласилась провести экспертизу, и дважды — 25 октября и 2 ноября — приезжала в Лавру с группой специалистов, среди которых была кандидат биологических наук, заведующая лабораторией реконструкции лица Института этнологии РАН Г. В. Лебединская, правнучка митрополита Московского Леонтия (Лебединского), скончавшегося в 1893 году.
Перед антропологами были поставлены две задачи: во-первых, на основании сопоставления найденных мощей и имеющихся портретов высказать аргументированное суждение о принадлежности обнаруженных мощей изображенным на портретах лицам и, во-вторых, проверить правильность соотнесения черепов и скелетов. На оба вопроса антропологи дали положительные ответы. Лишь около 10 % костей были переидентифицированы.
Оставалось еще привести в порядок обнаруженные части облачений и досок. Эту кропотливую работу тщательно и аккуратно, ничего не повредив, выполнил в течение двух недель иеродиакон Иоанн (Макаров), клирик Патриаршего подворья в Переделкине. Иногда куски облачений вынимались прямо с землей, ткань была сырая, очень хрупкая, и обращаться с ней приходилось крайне осторожно. Кроме того, зачастую фрагменты облачений были чрезвычайно малы и требовалось большое внимание, чтобы определить, к чему именно они относятся. Отец Иоанн блестяще справился с этой задачей.
Сейчас можно с уверенностью сказать, что сохранилась большая часть облачения митрополита Филарета (естественно, в виде фрагментов). Суждение это основано на сходстве рисунка и фактуры найденных деталей с изображением облачения митрополита Филарета во гробе на гравюре из Патриарших покоев Лавры. Сохранились части саккоса, омофора, епитрахиль, поручи, подсаккосник и другие фрагменты. Из других облачений была обнаружена только одна епитрахиль, причем определить, принадлежала ли она святителю Иннокентию или архимандриту Антонию, в настоящее время не представляется возможным.
По форме ручек и структуре дерева удалось определить принадлежность досок от гроба. Фигурные бронзовые (или латунные) ручки принадлежали гробу митрополита Филарета, сделанному из кипарисовых досок. Вторые ручки, по-видимому, являются деталью второго наружного гроба митрополита Филарета, который был сделан из дуба; еще одни ручки — от гроба святителя Иннокентия. Так, путем кропотливой работы удалось установить принадлежность большинства находок.
Когда была обнаружена яма и начались ее раскопки, взору присутствовавших предстала жуткая картина надругательства над дорогими каждому верующему человеку мощами: мощи трех угодников Божиих были перемешаны, забросаны мусором, трудно было понять, какая часть из них сохранилась, и слабо верилось в то, что раскопки завершатся благополучно. Но, слава Богу, почти все находки удалось идентифицировать.
Еще три святыни возвращены Русской Православной Церкви. Это воистину милость Божия. Слава Богу!»
С 29 ноября по 2 декабря 1994 года в Даниловском монастыре заседал Архиерейский собор Русской православной церкви, на нем святитель Филарет был причислен к лику святых; установлено отмечать память его 19 ноября по юлианскому календарю или 2 декабря по григорианскому.
