Таким образом, началась эпоха испытаний. Между королевской и папской властями теперь шла открытая борьба, и возмутительность взаимных враждебных заявлений делала почти невозможной попытку какого-либо примирения, которое заставило бы отступившего потерять лицо. Обе стороны вооружались. Интеллектуалы, по просьбе или спонтанно, встали на службу королю или Папе, собирали аргументы, публиковали трактаты и памфлеты, чтобы защитить дело своего избранника.
С папской стороны в 1301–1302 годах, в самый разгар конфликта, появилось несколько богословских трактатов о взаимоотношениях между духовной и мирской властью. Их авторами были итальянцы, такие как Птолемей (Варфоломей) из Лукки, который в 1301 году завершил работу над De regimine principum (О правлении государей), начатую Фомой Аквинским, и которая, утверждая автономию королевской власти, ограничивала ее исключительно мирской сферой. В том же духе анонимный канонист представил консистории трактат Sur le pouvoir du pape (О власти папы) до апреля 1302 года. В то же время отшельник святого Августина, Джакомо из Витербо, в своем труде De regimine Christiano (Правительство церкви) писал, что Церковь — это истинное царство, царство Христа, Regnum Christi, которое является вселенским царством: "Церковь — это царство, потому что она включает в себя великое множество народов и различных наций, распространенных по всей поверхности земли; потому что она содержит все блага, необходимые для духовной жизни и спасения людей; и потому что, подобно царствам, она содержит группы, постепенно возвышающиеся друг над другом, такие как провинции, епархии, приходы и колледжи". Церковь — это даже единственное общество, которое заслуживает названия respublica (общественного дела), res populi (дела народа), потому что только в нем достигается истинная справедливость и истинная общность. Во главе этого Regnum Christi стоит rex (король), суверенный понтифик, обладающий полнотой духовной власти, превосходящей мирскую королевскую власть, поскольку последняя происходит только от природы. Поэтому Папа имеет право судить и исправлять королей, "если они не приспосабливают свои действия к высшей цели, которую преследует духовное общество". Королевская власть несовершенна, она естественного порядка и нуждается в благодати, чтобы подняться до совершенства, которым обладает только духовная власть.
Однако самым горячим защитником папского дела был другой монах-августинец, Эгидий Римский. Такова была странная и парадоксальная карьера этого теолога, сначала члена окружения Филиппа III, затем воспитателя и друга Филиппа IV, который стал знаковой фигурой и ярым защитником Бонифация VIII перед лицом своего бывшего ученика, в обучение которого он внес большой вклад, написав для него De regimine principum в 1279 году, как мы уже видели. Томист, он был видным деятелем августинского монастыря в Париже при Филиппе III. В 1277 году епископом Парижа, ему на некоторое время было запрещено преподавать за приверженность аристотелианству, но он возобновил преподавание в 1285 году, произнеся приветственную речь при въезде Филиппа Красивого в Париж. Автор 73 работ по политической теологии, которые принесли ему титул Doctor fundatissimus (Основательный доктор), он находился при папском дворе с 1296 года. В августе 1299 года Папа назначил его архиепископом Буржа, и в этом качестве он оказался в самом центре конфликта между своим бывшим учеником и другом, королем Франции, и его духовным начальником, Папой. Он также был живой иллюстрацией злоупотреблений, осужденных королевским Советом: назначение Папой на должности французских прелатов иностранных священнослужителей.
