Затем, 2 апреля, произошла трагедия: супруга Филиппа Красивого, королева Жанна Наваррская, в возрасте 32 лет умерла в Венсене. Король был глубоко потрясен. Этот аспект его личности часто игнорируется, потому что он не вписывается в традиционный образ холодного, бесчувственного, сурового государя, завещанный потомкам, и потому что в целом королевские браки — это политические дела, не имеющие ничего общего с чувствами. На самом деле под оболочкой "железного короля" скрывалась глубокая, нежная и искренняя любовь к Жанне. Он женился на ней в шестнадцать лет, когда ей было одиннадцать, и в течение двадцати лет они были неразлучны. Она сопровождала его во всех его путешествиях и родила ему семерых детей. Слухи о неверности между супругами никогда не возникали, и Филипп не женился повторно и не заводил романов до конца своей жизни, хотя ему было всего тридцать семь лет, когда умерла Жанна. Некоторые хроники предполагают, что он даже был склонен отречься от престола, если бы это было возможно, и все документальные источники указывают на изменения в его поведении. Начиная с 1305 года, стало меньше выездов на охоту и больше набожности. Жанна была похоронена в церкви братьев Миноритов, и король регулярно умножал число поминальных служб для спасения ее души. Робер-Анри Ботье насчитал 4 в 1306 году, 3 в 1307 году, 21 в 1308 году, 43 в 1309 году, 28 в 1310 году, в церквях королевского домена, лепрозориях, монастырях и аббатствах, особенно женских. Он усердно посещал места паломничества: Мон-Сен-Мишель в марте 1307 и мае 1310, Нотр-Дам де Булонь в январе 1308 и апреле 1309, Шартр в сентябре 1310. Филипп неоднократно останавливался в аббатствах: более месяца в Мобюиссоне в мае-июне 1311, в Лонгпоне, а затем в Сен-Жан-о-Буа в октябре-ноябре того же года, затем в Лонгшам и Лис. Одним из его любимых мест уединения было Роялье, в Валь-де-Эколье, которое он основал в 1303 году, благоустроил в 1305 году, и которому он сделал значительное пожертвование в 1308 году. В декабре 1308 года он основал аббатство целестинцев Сен-Пьер-о-Мон-де-Шатр, в Компьенском лесу, которому в октябре 1309 года сделал очень крупное пожертвование; в апреле 1310 года он основал монастырь Бедных Кларисс из Монселя, близ Пон-Сен-Максанса, монастырь кармелитов в Париже, картезианский монастырь Мон-Сен-Луи, близ Нуайона, и пожертвовал ему часовню в Лувре. Его милостыня и благотворительные пожертвования были бесчисленны. Так, в марте-апреле 1310 года он пожертвовал подати которые платили ему церковные прелаты при вступлении в назначенную должность, бедным дочерям дворян в качестве приданного, а в своих путешествиях он отдавал всю солому, использованную во время постоя, ближайшей колонии прокаженных или больнице. Пожертвования от короля получали и капитулы городов, например, Лаона, Арраса и Суассона; в сентябре 1308 года приорство Мортемер-ан-Лайонс получило аннуитет за поминальные службы по королеве; то же самое Нотр-Дам де Божанси в январе 1309 года, Сен-Мартен де Тур в сентябре того же года, доминиканцам и Бедным Клариссам Каркассона в октябре 1309 года, в июне 1310 года, Нотр-Дам де Клери, аббатству Ториньи-сюр-Вир, кармелитам Руана, Валь-дез-Эколье в Нуайоне, Хеннемонту близ Сен-Леже-ан-Ле. Страницы церковных инвентарных книг заполнены записями об основании королем часовен и монастырей, и подавляющее большинство из них — после 1305 года.