Придя к власти, Филипп мог опереться на прочную институциональную базу, которая неуклонно совершенствовалась с конца XIII века. Царствования Филиппа IV и Филиппа V стали важными вехами в этом процессе. Другим этапом стало царствование первого Валуа, который умножил количество ордонансов в последние десять лет своего правления, в самый разгар войны. Чтобы выиграть борьбу с Эдуардом III, Филипп должен был опираться на все более эффективную администрацию.
В начале своего правления король, для лучшего управления страной, неоднократно созывал ассамблеи трех сословий. После ассамблеи 1329 года, он созвал новую в июле 1331 года, затем в апреле 1332 года, за которой последовали другие в 1333 и 1334 годах[381]. Эти ассамблеи явно отличались от тех, что созывались во время войны для согласования налогов. Их целью было дать королю советы. Переломный момент наступил после 1335 года, когда под влиянием Миля де Нуайе появился Ближний Совет (Conseil restreint), или Тайный совет (Conseil secret), впервые упомянутый в документах в 1342 году. Советник, который также был президентом Счетной палаты, с 1330-х годов поощрял сближение этих двух учреждений, поскольку большинство членов Совета были также магистрами Счетной палаты. Путаница была такой, что именно Счетной палате Филипп передал часть своих полномочий в 1340 году, в то время как война отвлекла его от текущих дел. После этого служащие Палаты стали играть беспрецедентную роль в управлении королевством[382]. Этому сочетанию функций пришел конец в декабре 1346 года, когда был издан ордонанс о реорганизации Счетной палаты, штат которой был существенно сокращен. Отныне она переходила в ведение семи аудиторов, трех клириков и четырех мирян, которым помогали двенадцать клириков Палаты и один клерк Казначейства[383]. Эту реформу возглавили три аббата — Корби, Мармутье и Сен-Дени, которых Филипп ввел в состав Совета для контроля над финансовыми делами. На какое-то время это привело к тому, что учреждение стало функционировать под надзором епископской комиссии, но этот эксперимент не продлился дольше 1347 года[384].
Реформы Филиппа коснулись и управления на местах. Одной из первых он попытался провести реформу, касающуюся управления превотствами. В капетингской Франции управление на местах осуществляли прево, подчинявшиеся бальи или сенешалям. Изначально прево был просто управляющим имуществом, но в королевском домене он превратился государственную должность. В рамках своей юрисдикции прево отвечал за отправление правосудия, сбор налогов и проведение дознаний. Начиная с XII века эта должность сдавалась на откуп, то есть продавалась с аукциона. Прево платил королю определенную сумму вперед, а затем с лихвой компенсировал себе потраченные деньги, собирая государственные подати и судебные штрафы в своем округе. Такая система была удобна для королевской власти, которая получала заранее определенную сумму, но была порочна из-за многочисленных злоупотреблений, так как у прево возникал соблазн угнетать жителей вверенного ему округа, чтобы получить как можно большую прибыль. Прево также стремились сделать свой пост наследственным, а народ постоянно требовал, чтобы прево находились под под контролем королевской власти и не были откупщиками.
После первого эксперимента с превотством Лаон, которое в 1331 году было передано под прямое управление королевских чиновников, Филипп ордонансом от 15 февраля 1346 года, последовавшим за ассамблеей трех сословий, состоявшейся 2 февраля[385], объявил о своем намерении поступить также с остальными превотствами. 20 января 1347 года он запретил сдавать их на откуп, и передавал под управление королевских чиновников, но эта мера оказалась настолько малоэффективной, что королю пришлось пойти на попятную, иначе он рисковал поставить под угрозу поступления в казну. Принцип получения должности на откуп с аукциона был восстановлен ордонансом от 22 июня 1349 года. Так что эта реформа, которая должна была помочь Филиппу возродить в народе свою популярности, провалилась из-за растущих финансовых потребностей государства.