Исполнение бюджетов государственных внебюджетных фондов осуществляется Федеральным казначейством РФ. Отчеты об исполнении бюджетов государственных внебюджетных фондов РФ составляются органами управления фондами и представляются в федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий нормативное правовое регулирование в сфере здравоохранения и социального развития, для внесения в установленном порядке в Правительство РФ. Правительство РФ не позднее 15 июня текущего года представляет отчеты в Счетную палату РФ для их внешней проверки. Счетная палата РФ готовит на отчеты заключения не позднее 15 сентября текущего года и представляет эти заключения в Государственную Думу и Совет Федерации, а также направляет их в Правительство РФ. По результатам рассмотрения годовых отчетов об исполнении бюджетов государственных внебюджетных фондов РФ Государственная Дума принимает либо отклоняет федеральные законы об исполнении бюджетов государственных внебюджетных фондов РФ.
Внебюджетные фонды классифицируются по нескольким критериям.
По охвату территории выделяются внебюджетные фонды: национальные (федеральные, региональные, местные), транснациональные, всемирные.
По периоду действия различают фонды: постоянные, временные, срочные.
По видам субъектов – учредителей внебюджетных фондов различают: межгосударственные, государственные, юридических лиц, физических лиц.
Основным является деление фондов по признаку целевого (функционального) назначения: социальные, экономические, экологические и др.
Об особенностях состава федеральных и региональных внебюджетных фондов в России можно судить по следующим примерам. На федеральном уровне функционируют следующие фонды: Федеральный фонд финансовой поддержки субъектов Российской Федерации, Федеральный фонд софинансирования социальных расходов, Фонд реформирования региональных и муниципальных финансов, Федеральный фонд регионального развития по субъектам Российской Федерации, Федеральный фонд компенсаций, Российский инвестиционный фонд информационно-коммуникационных технологий, Федеральный продовольственный фонд, Российский фонд фундаментальных исследований и др. В составе государственных федеральных целевых бюджетных фондов прежде значились: Федеральный дорожный фонд РФ (до 1 января 2005 г.); Федеральный экологический фонд РФ (упразднен 1 января 2001 г.); Федеральный фонд воспроизводства минерально-сырьевой базы РФ (упразднен с 1 января 2001 г.).
К региональным внебюджетным фондам относятся: Территориальный дорожный фонд Московской области, Фонд Государственного строительного надзора Московской области, Целевой бюджетный территориальный экологический фонд (Москва), Целевой бюджетный фонд развития территории Москвы, Целевой бюджетный фонд рекламы и городской информации (Москва), Продовольственный фонд (Ленинградская обл.), Лизинговый фонд (Ленинградская обл.), Фонд финансовой поддержки внутригородских муниципальных образований Санкт-Петербурга, Фонд компенсации Санкт-Петербурга и др.
Рассмотрим более детально внебюджетные фонды, выделенные по своему целевому назначению. Экономические внебюджетные фонды предназначены для решения важных общехозяйственных проблем, имеющих, как правило, программный характер (дорожное строительство и эксплуатация дорожного хозяйства, развитие таможенной системы, воспроизводство минерально-сырьевой базы и т. п.). Следует отметить, что еще в 1999 г. было принято Постановление Правительства РФ «Об утверждении порядка образования и использования внебюджетных фондов федеральных органов исполнительной власти и коммерческих организаций для финансирования научных исследований и экспериментальных разработок» № 1156.
Социальные внебюджетные фонды образуются для обеспечения важнейших конституционных социальных прав граждан России. Государство должно гарантировать населению определенный нормативный уровень потребления социальных услуг. Необходимые для этого значительные государственные финансовые ресурсы формируются и предоставляются населению через внебюджетные социальные фонды: Пенсионный фонд РФ, Фонд социального страхования РФ, федеральный и территориальные фонды обязательного медицинского страхования.
Наиболее крупным из всех социальных фондов по величине мобилизуемых ресурсов является образованный в 1990 г.