21—22 октября по улицам города разгуливали полупьяные шайки черносотенцев, избивавшие и убивавшие рабочих и студентов. Группа оголтелых погромщиков закидала камнями одну из аудиторий университета, превратившегося в эти дни в настоящий очаг революции — в его зданиях происходили многолюдные митинги и собрания. О выходке хулиганов Чаплыгин узнал из рассказов профессоров-очевидцев. Боевые дружины, сформированные для отпора черносотенцам, стали охранять ряд зданий и учреждений. На глазах Чаплыгина дружинники разогнали озверевшую толпу с дубинками, пытавшуюся разгромить общежитие курсисток в Мерзляковском переулке.
Декабрьское вооруженное восстание, революционный прилив и последующий медленный отлив наложили отпечаток на жизнь курсов и их первого выборного директора. Сами курсы полиция закрыла, студенческие политические забастовки продолжались, волнения то стихали, то снова будоражили молодежь. Некоторые курсистки участвовали в них, другие уехали домой, ожидая спокойных дней. Чаплыгин начал готовить курсы к новому приему слушательниц.
На курсах имелись два факультета. На философском изучалась всеобщая и русская история, история религий, искусств, всеобщей и русской литературы, языковедение, политэкономия, логика, психология. В программе физико-математического факультета — занятия по высшей математике, механике, астрономии, опытной и теоретической физике, химии, минералогии и кристаллографии, геологии и палеонтологии, анатомии. Чаплыгин стал инициатором открытия третьего факультета — медицинского. Он добился права использовать городские больницы в качестве клиник нового факультета. Но главное — принял твердое решение построить новые помещения курсов, которым позавидовали бы другие учебные заведения Москвы.
Легко сказать — построить. А на какие средства? Листая пухлый отчет Общества доставления средств курсам, я обнаружил графу «Специальный капитал для постройки здания курсов». На 1 января 1906 года этот капитал составлял 22 776 рублей плюс проценты — 988 рублей, итого 23 764 рубля. Что и говорить, не густо. А строить директор хотел с размахом, в чем его поддерживал совет курсов.
Просто поразительно, с каким рвением, а главное, умением взялся Сергей Алексеевич за осуществление его проекта. Откуда в нем, теоретике, решавшем научные задачи, далекие от приложения к технике, столь ярко выраженный талант администратора, хозяина? Откуда в нем, казалось бы, непрактическом человеке, способность улаживать конфликты, находить с людьми общий язык по многим спорным вопросам? Целеустремленность, настойчивость, авторитет и врожденный такт в общении помогли ему разрубить гордиев узел.
Сергей Алексеевич после упорной борьбы смог добиться в городской думе постановления о безвозмездном отводе курсам пяти тысяч квадратных сажен земли на пустынном тогда Девичьем поле. Строительство учебных зданий возглавил А. А. Эйхенвальд.
Далее Чаплыгин совершил совершенно невероятный, неожиданный поступок. Когда уже много позднее Сергею Алексеевичу напоминали об этих героических временах, он только смеялся, не рассказывая о всех деталях своих финансовых и административных деяний.
А деяния были таковы, что некоторые гласные в думе с пеной у рта требовали отдать директора под суд.
Произошло следующее. Посоветовавшись с Эйхенвальдом и другими инженерами, строителями, Чаплыгин, как заправский купец, заложил в банке полученный безвозмездно земельный участок на «Девичке».
Имея в руках взятую под залог изрядную сумму, около шестидесяти тысяч рублей, он начал стройку. Едва обозначился первый этаж, он воспользовался правом получения ссуды в обществе взаимного кредита. Возведя здание под крышу, Сергей Алексеевич тут же целиком заложил его в государственном банке...
Лев Гумилевский пишет в своей книге о Чаплыгине, используя воспоминания Голубева: «Конечно, дело не шло так гладко и просто... Об этом свидетельствуют бурные трения в городской думе, о которых писалось во всех газетах. Часть гласных, принадлежащих к черносотенцам, требовала немедленного изъятия отведенной курсам земли и отдачи директора под суд за незаконный залог дарственного земельного участка. С левой стороны гласные, наоборот, посмеиваясь, кричали в ответ:
— За что тут судить? Все так делают!
— Молодец директор!»
В 1908 году были построены и оборудованы два первых здания: физико-химический корпус и анатомический театр. Потом началось возведение аудиторного корпуса с читальнями и библиотекой. Он стал одним из красивейших в Москве.
Чаплыгин всячески поддерживал инициативу коллег. В частности, именно на курсах родился Дарвиновский музей.
Феноменальная память позволяла Сергею Алексеевичу, не прибегая к записным книжкам, держать в голове массу самых разнообразных сведений, что также способствовало росту его авторитета как руководителя курсов. Особенно изумляла слушательниц его способность знать их по фамилиям и в лицо и никогда не путать.
