Много позже, в 1939 году, в письме профессору А. К. Тимирязеву Чаплыгин, уже известный ученый, академик, так описал свои впечатления о «святая святых» — Московском университете. «...Мне вспоминается давно прошедший август 1886 года: мои товарищи и я, молодые студенты университета, с чувством глубокого почтения к нашей alma mater только что вошли в ее стены. Над физико-математическим факультетом в те времена сияли имена Цингера, Бредихина, Тимирязева, Богданова, Марковникова, Жуковского и рядом с ними, отнюдь не затемняясь их блеском, было имя незабвенного Александра Григорьевича Столетова. Мы слышали о глубокой учености Александра Григорьевича, о его превосходных лекциях и о необычайной строгости его как экзаменатора. Об его требовательности ходили легенды, рассказывали о необычайных вопросах суворовского пошиба, которыми он будто бы любил озадачивать студентов, и т. п. И вот мы с огромным интересом вошли в замечательную недавно созданную под его руководством, физическую аудиторию; нас сразу захватило мастерское изложение профессора и очаровали превосходно поставленные эксперименты, изумительно точно и ясно проводившиеся несравненным помощником Столетова И. Ф. Усагиным. Аудитория всегда была полна; с неослабевающим интересом все отделы курса опытной физики, неизменно иллюстрировавшиеся блестящим экспериментом, прослушивались с начала до конца.
Что касается экзаменов, то ничего необычного они не представляли: профессор лишь неуклонно требовал ясного понимания главного содержания курса, правда, он выслушивал ответы, не задавая наводящих вопросов, если студент начинал путать, и не помогал выбраться из затруднений, если они происходили от непродуманности и невнимательного изучения предмета».
Память человеческая чаще всего как сито: пропускает мелкое, легкое и удерживает крупное, весомое. В памяти Чаплыгина словно бы не имелось ячеек, она не процеживала, а захватывала абсолютно все, происходившее с ним и вокруг него. Но, разумеется, одно вспоминалось по случаю, по какой-то причудливой ассоциации, другое проступало само по себе — ярко, выпукло.
Занятия, обед в дешевой университетской столовой и почти ежедневно — репетиторство, служившее, как и в гимназические годы, материальным подспорьем, воспринимались сплошной будничной чередой.
Усвоение учебного материала и в университете давалось Сергею с поразительной легкостью. В учебники он заглядывал лишь для того, чтобы зрительно сфотографировать текст. Дальнейшая аналитическая работа мозга выполнялась как бы самостоятельно. Куда больше учебников давали лекции. На факультете сосредоточились солидные научные силы: одиннадцать ординарных и шесть экстраординарных профессоров, двенадцать приват-доцентов. И почти все — имена, внушавшие трепетное уважение. Общение с ними и отложилось в памяти ощущением праздника.
Самым крупным и ярким было имя Столетова. Всегда подтянутый, ладный, энергичный, он властвовал в аудитории и физическом кабинете, покоряя молодежь, жадную к подлинным знаниям, не прощавшую малейшей фальши или общих расплывчатых рассуждений. Речь Александра Григорьевича лилась вольно и нестесненно. В ней не было повторов, неточных фразеологических построений. И в то же время его лекции служили примером того редчайшего сплава, когда и словам, и мыслям просторно. Чеканные формулировки в органическом соседстве с наглядными, почти что художественными образами захватывали слушателей, раскрывали перед ними непростой мир физики. Ясность, точность, логичность — как это отвечало строю мышления студента Чаплыгина!
Основатель школы русских физиков, краса и гордость русской науки, Столетов болезненно относился к тому, что его любимая наука имела в университете чрезвычайно слабую материальную базу.
— В старейшем русском университете под физикой — около ста десяти саженей в один этаж, вся коллекция теснится на тридцати квадратных саженях, — с горечью говаривал он. — Эта сотня квадратных саженей представляет притом чересполосицу — два участка, в двух разных домах, разделенных большими дворами и улицей: большое удобство для директора, живущего в верхнем этаже третьего дома! Есть, правда, аудитория, но она лишена солнечного света, почти лишена и дневного, имеет сто сорок мест — приблизительно для одной четверти наличного состава слушателей... Коллекция бедна, и нужны многие тысячи, чтобы ее пополнить и облагородить. Вот обстановка физических кафедр в нашей стране.
Огромного труда стоило Александру Григорьевичу создать первоклассную физическую лабораторию. Немало средств на ее оборудование взял он из собственного кармана, тем самым опровергнув ходячую легенду о скупости. Чаплыгин, как и другие студенты, с охотой посещал лабораторию, вел исследования, хотя быстро почувствовал: постановка физических опытов — не его стихия.