Зримый след в студенческой памяти Чаплыгина оставил и друг Столетова К. А. Тимирязев. Факультет, где учился Сергей, делился на отделение математики и естественных наук. Климент Аркадьевич читал на естественном отделении, но Сергей и его друзья часто приходили слушать его. И не только «штатные» университетские лекции, но и публичные выступления в Политехническом музее. Тимирязева, как и Столетова, молодежь боготворила. Высокий, худой, нервно подвижный, с бурно захлебывающейся речью, Тимирязев покорял слушателей увлекательной поэтичностью рассказа о физиологии растений. В нем было нечто от мудреца и ребенка — светлый ум, глубина суждений и подкупающая наивность. Климент Аркадьевич видел в науке средство преобразования страны. Убежденный ученый-демократ, он страстно ненавидел произвол, насилие, деспотизм, был искренним и бесстрашным защитником молодежи. «Жизнь растений» и другие книги Тимирязева привлекали внимание читателей, помимо свежести идей и выводов, и свежестью слога. Лучшего популяризатора и пропагандиста науки трудно было тогда сыскать.
Высоким накалом страсти истинного ученого, безгранично верящего в преобразующую мир силу — силу знания, звучат, например, вот эти слова Тимирязева:
— Если мы желаем принять на свой счет сравнение с листом (Тимирязев имеет в виду басню И. А. Крылова «Листы и корни». —
Еще одно не менее громкое и славное имя — химик В. В. Марковников. Он совершил примерно то же, что Столетов в области физики: расширил и перестроил химическую лабораторию, широко развернул научные исследования, отвечавшие духу времени. Питомец вольнолюбивого Казанского университета, ученик великого Бутлерова, он обогатил идеи учителя, привнес в них немало нового. Крупной работой стала его докторская диссертация «Материалы по вопросу о взаимном влиянии атомов в химических соединениях».
Как всякий по-настоящему крупный ученый, Марковников безбоязненно выступал против любых несправедливостей: особенно когда речь шла о коллегах. Он демонстративно покинул родной университет в знак протеста против незаконного увольнения выдающегося педагога, анатома и врача П. Ф. Лесгафта, осудившего полицейский надзор над университетом. Бунтарский дух был в традициях передовой русской науки...
Марковникова отличало не только стремление дать студентам максимально серьезные знания. Он являлся практическим деятелем крупного размаха. Владимир Васильевич исследовал кавказскую нефть, ратовал за всемерное развитие отечественной промышленности, в первую очередь химической. «Никакое знание в стране не может прогрессировать, а, наоборот, будет постоянно оставаться предметом роскоши, если не будет находить себе применение в жизни народа», — говорил он. Любимое выражение, не сходившее с его уст: «Ученым можешь ты не быть, но гражданином быть обязан».
Это был человек разносторонних интересов. Вместе со Столетовым он устраивал музыкальные вечера. Александр Григорьевич играл на фортепьяно, Владимир Васильевич пел.
В начале девяностых годов Чаплыгин стал свидетелем ожесточенной борьбы Столетова и Марковникова с педантами от науки. Борьба эта все чаще оканчивалась не в их пользу — так резко изменилась ситуация в университете. Андрей Белый в свойственной ему иронически-парадоксальной манере вспоминает отношение своего отца, тогдашнего декана факультета, к двум бунтарям: «...к Столетову отец относился как к драматургу, окрашивающему серые будни «деловых засидов»... Как декан возмущался Столетовым, а как зритель любовался его молодечеством. Отец любил Столетова, любил и Марковникова, и поздней я расслушивал в выкрике с надсадой прямо-таки нежность по адресу буянов:
— А Марковников со Столетовым опять заварили кашу!»
Вот какие выдающиеся люди составляли гордость университета, в стены которого вошел Сергей Чаплыгин. Добавим к ним еще астронома Ф. А. Бредихина, творца теорий кометных форм и происхождения метеорных потоков из комет, деятельного директора обсерватории при университете, превосходного лектора; геометра и ботаника В. Я. Цингера; антрополога, директора Зоологического музея университета, основателя научной школы А. П. Богданова. И конечно, не забудем упомянуть астронома В. К. Цераского, механиков Ф. А. Слудского, Ф. Е. Орлова, физика А. П. Соколова...