Спуск по реке оказался более опасным и утомительным, чем движение по суше, поскольку каноэ приходилось постоянно перетаскивать то через песчаные банки, то через пороги, то через поваленные испанцами деревья. По словам Дика, несколько каноэ перевернулось, и некоторые пираты потеряли свое оружие, но «индейцы ныряли и достали его на поверхность снова». А когда один из англичан, решив поохотиться, заблудился в лесу, «индейцы были столь любезны, что опять привели его к нам».
Вечером участники экспедиции вытащили все каноэ на берег, после чего соорудили несколько хижин и расположились в них на ночлег. Ночью возле лагеря часовые заметили ягуара, но, чтобы не выдать расположение лагеря испанцам, не стали отгонять его выстрелами из фузей.
На следующий день, в понедельник, команда Коксона потеряла из виду главный отряд, двигавшийся по суше. Англичане начали подозревать, что индейцы преднамеренно отделили их от товарищей, чтобы потом истребить в угоду испанцам. Однако их страхи рассеялись во вторник 13 (23) апреля, когда вскоре после полудня все встретились в условленном месте у слияния двух рек, о котором говорили индейцы. «Мы простояли там весь день, желая отдохнуть и привести в порядок наше оружие и снаряжение, чтобы на следующий день продолжить движение», — записал в своем журнале Джон Кокс.
В среду 14 (24) апреля объединенный отряд из 327 флибустьеров и 50 индейцев (включая «императора Дарьена») поднялся на заре и погрузился на 68 каноэ, в которых сидело по два индейца-гребца. Если до этого они двигались по воде, используя длинные шесты или палки, то теперь, находясь уже недалеко от цели своего путешествия, индейцы и англичане вооружились веслами и работали ими весьма энергично. После полуночи каноэ пристали к заболоченному берегу примерно в полумиле от Санта-Марии (по данным Кокса — в двух милях). Чтобы не утонуть в болотной грязи, пираты соорудили из весел и веток деревьев простейшие гати. Затем им пришлось прорубать себе дорогу через густые заросли леса, в котором все заночевали.
15 (25) апреля, примерно в шесть утра, флибустьеры были разбужены ружейным выстрелом и барабанным боем, означавшими, что их прибытие в окрестности Санта-Марии не осталось незамеченным. Отряд тут же построился и двинулся к городу. Испанцы укрылись в форте, окруженном палисадом высотой до 12 футов. «Капитан Ричард Сокинс, — сообщает Уильям Дик, — бросился к частоколу, и весь отряд бросился за ним так быстро, как только мог. И стреляли по частоколу, а они [испанцы] стреляли в нас из своих аркебуз, бросали пики и пускали стрелы. У них за частоколом было около 200 человек. Мы убили около 70 человек. Потом мы почти полчаса дрались с ними, капитан Ричард Сокинс ринулся к частоколу с 2 или 3 другими людьми, прорубил 2 или 3 очень крепких частокола и проник внутрь. Они сразу же попросили пощады, которую мы им тут же дали».
Согласно данным Бэзила Рингроуза, испанцы потеряли 26 человек убитыми и 16 — ранеными. Кроме того, после окончания сражения индейцы в отместку за былые обиды отвели в заросли и закололи копьями еще около полусотни испанцев; они наверняка продолжили бы бойню, если бы не вмешательство пиратов, которым удалось спасти от истребления около 260 человек. Уильям Дик сообщает, что у англичан во время штурма частокола ранения получили два человека: капитану Сокинсу стрела угодила в голову, а другой флибустьер был ранен в руку. К счастью, раны оказались не смертельными, и оба вскоре вернулись в строй.
От пленных англичане узнали, что комендант города сбежал на каноэ вместе с двумя женщинами и двумя неграми-рабами; кроме того, предупрежденный заранее о присутствии пиратов на перешейке, отряд испанцев из двухсот человек успел уплыть в сторону Панамы на двух барках с четырьмя сундуками золотого песка.
Добыча, взятая в Санта-Марии, оказалась весьма скромной: немного церковного серебра и золотого песка, вино, бренди, свинина и маис. Разочарованный результатами похода, капитан Коксон сообщил о своем намерении вернуться на карибское побережье. Наверняка за ним последовали бы и другие, после чего сторонники продолжения похода к побережью Тихого океана могли остаться в меньшинстве. Чтобы удержать Коксона, Харрис и Сокинс предложили ему стать главнокомандующим.
В пятницу, в день избрания Коксона «генералом», церковное серебро и несколько пленных были отправлены на карибское побережье под охраной дюжины флибустьеров. Их повели через леса несколько индейцев-проводников. Кроме того, для поимки сбежавшего коменданта Санта-Марии Коксон отправил еще десяток пиратов под командованием капитана Сокинса — они пустились на каноэ вниз по реке.
