К 1583 году испанцы так и не добрались до Тараканского султаната по той причине, что попытка закрепиться на Калимантане им сходу не удалась из-за противодействия народов моро, и ресурсов конкистадоры растратили немало. Потому о возобновлении экспансии в ту сторону в ближайшее время и речи не шло. Особенно в условиях, когда, начиная с октября 1579 года, перестали возобновляться резервы, поступавшие до этого по маршруту через Тихий океан из порта Акапулько в Новой Испании в Манилу. Ведь на этом пути где-то возле Гуама несколько лет подряд исчезали корабли.
Но, сражения войны против мусульман подточили силы не только испанцев, закрепившихся на Филиппинах. После начала испанского завоевания этого архипелага, серьезная война с султанатами вспыхнула не сразу. Ей предшествовали переговоры и дипломатические маневры. Наблюдая экспансию чужаков, султан Брунея поспешил установить союзнические отношения с сильными державами, обменявшись посольствами с Османской империей и объявив свою страну частью исламского мира. После чего брунейский правитель начал активно закупать оружие у португальцев. Заключил он и союз против испанцев с султанатами Магинданао и Сулу. Но и испанцы смогли заручиться поддержкой части населения островов Себу и Лусон. Висайские племена, живущие на этих островах, считали мусульман своими врагами и потому легко объединились с чужаками испанцами для совместной борьбы против султана Брунея и его союзников.
Губернатор Филиппин Франсиско де Санде видел нарастающую угрозу со стороны Брунея. И он даже пытался предотвратить войну, послав брунейскому султану Сайфулу Риджалу просьбу о личной встрече, на которой предполагал мирно договориться о границах распространения ислама и христианства на островах Юго-Восточной Азии. Но, султан не мог простить испанцам разгрома исламского королевства Серудонг, столицей которого была Манила, а потому отказался от мирных переговоров, выбрав военное противостояние.
В 1578 году де Санде собрал эскадру и, как генерал-капитан, в марте повел против Брунея флот из сорока кораблей, на которых отправились четыре сотни испанцев, половина из которых была уроженцами Мексики, и почти две тысячи местных из висайских племен. Основной удар испанское воинство предполагало нанести по Брунею, но планировались и военные действия против его союзников в Сулу и Минданао. На помощь султану подоспели войска из Османской империи: отряды турок, египтян и даже сомалийцев. С собой они привезли аркебузы. А португальский капитан Пенгиран Кестани помогал брунейцам покупать пушки.
Когда испанцы в середине апреля осадили столицу Брунея Котабату, то смогли заручиться поддержкой от местных дворян Лелы и Ратны, обиженных на султана. Они и помогли конкистадорам быстро занять город, дав указание своим людям открыть ворота крепости. Эти коллаборационисты хотели сами заполучить власть из рук испанцев в обмен на выплату дани испанской монархии. Взяв столицу, завоеватели сразу назначили Лелу новым султаном, а Ратна получил почетную должность Бендахары, предводителя дворянства.
Но, Сайфул Риджал, успевший вовремя сбежать в соседний город Джерудонг, копил там силы. И выждав, когда испанцы, занявшие Котабату, ослабнут от болезней из-за отравленной лазутчиками еды и воды, султан решился на штурм. Его отряд из тысячи воинов, среди которых были турецкие канониры с пушками и стрелки с аркебузами, смог пробиться в цитадель и в жестоком сражении победить конкистадоров, изгнав их из столицы Брунея. Правда, от самого города, построенного, в основном, из дерева, мало что осталось после боев и пожаров. Сгорели не только дворцы и дома, но и мечети. А остатки испанского войска, вынужденные отступить, погрузились на корабли и отбыли обратно в Манилу.
Результаты военного похода для испанцев оказались отрицательными. Если их и не постиг полный разгром по причине быстрого и довольно неплохо организованного отступления от столицы Брунея, то и победы у них не получилось. В сущности, все, чего они сумели добиться, так это недопущения появления новых брунейских плацдармов на Лусоне. Но, султанаты Бруней, Магинданао и Сулу после этой войны оказались ослабленными не меньше, чем испанцы. Султанат Бруней укрепился на суше, но потерял почти все корабли. Хотя его правители считали, что все-таки победили, не просто отстояв собственную независимость, но и приобретя некоторый международный авторитет. Вот только султанат Сулу, непосредственно имеющий виды на остров Таракан, ничего в той войне не выиграл, лишь потеряв в сражениях своих лучших бойцов.
