Разбирательство продолжалось ни много ни мало 7 лет, и палата за неимением новых фактов уже собиралась закрыть дело, но тут произошло непредвиденное: супруги Ижболдины 2 июля 1868 года подали прокурору Санкт-Петербургского окружного суда А. Ф. Кони жалобу на бездействие Гражданской палаты и просьбу о возбуждении уголовного преследования братьев Александра и Ивана Мясниковых и Амфилогия Караганова.
Прокуратура принялась за дело весьма энергично. Уже формальная проверка документов, изъятых из Гражданской палаты, вскрыла ряд весьма подозрительных моментов. В первые же дни выяснилось, что тот самый полицейский акт, составленный «в целях охранения имущества умершего Козьмы Васильевича Беляева», был написан непонятно как и когда и вообще ничего не удостоверял, то есть не выполнял той самой функции, для которой, собственно, и предназначался. Кабинет Беляева и его личные вещи на самом деле никто не опечатывал, в результате чего сложилась благоприятная обстановка для махинаций с завещанием. Причем на этот момент представители Гражданской палаты при регистрации внимания не обратили, допустив, следовательно, грубейшую ошибку.
О происхождении завещания от 10 мая 1858 года один из братьев Мясниковых на допросе рассказал примерно следующее: о существовании завещания он узнал от Екатерины Беляевой, вдовы, и увидел впервые его тогда, когда она отдала этот документ ему для представления в Гражданскую палату. Подлинность завещания от 10 мая у него сомнений не вызывает, поскольку при жизни Козьма Беляев неоднократно заявлял, что все оставит своей жене.
Кроме того, Мясников прямо сказал, что никогда не предпринимал попыток тайно договориться с сарапульскими претендентами о наследстве Беляева (то есть с Мартьяновыми и Ижболдинами), чтобы те отказались от своих исков. Однако у чиновников имелось заявление Ивана Ижболдина, где утверждалось совершенно противоположное словам Мясникова. В результате после допроса последнего в Сарапуль отправился чиновник судебного ведомства для проверки истинности заявлений, явно исключающих друг друга. Оказалось, что правду говорил Ижболдин, так как в 1860 году поверенный Мясникова, некто Гонин, в самом деле приезжал в Сарапуль и встречался с Надеждой Мартьяновой, предлагая ей в качестве отступных 20–25 тыс. рублей. Свидетелями этого разговора были купец Дедюхин и священник Домрачев. Оба дали официальные показания, которые приобщили к делу. Таким образом Александра Мясникова прокурор первый раз поймал на серьезной лжи.
Между тем после вызова на первый допрос Александр Мясников вдруг проявил необыкновенное рвение, желая уладить дело миром. Он пригласил для переговоров Ивана Ижболдина и предложил ему (в связи с тем, что Ижболдину-купцу вроде как с ним, Мясниковым, государственным чиновником, все равно не сравниться) решить все по-хорошему. Проще говоря, Мясников обещал Ижболдину 150 тыс. рублей за то, что тот откажется от своих исков. Ижболдин отверг это предложение, и сделка не состоялась.
В течение 1869–1870 годов следствие сумело разыскать и опросить очень большое количество людей, которые могли в той или иной степени пролить свет на обстоятельства дела. К тому времени число лиц, разысканных и допрошенных в ходе предварительного расследования, уже превышало 250 человек.
Начало 1871 года оказалось для Мясниковых временем тяжелых и неожиданных испытаний. 11 февраля в квартире Александра был проведен обыск, в результате которого полицейские нашли небольшой кусочек листа с обрывком фразы следующего содержания: «что сие завещание составил действительно купец Козьма Васильевич Беляев».
Совсем скоро случилось несчастье с Иваном Мясниковым: молодой 37-летний мужчина пережил кровоизлияние в мозг и остался парализован. Не повезло и старшему брату: после обыска на квартире ему было предложено покинуть ряды Корпуса жандармов по собственному желанию, таким образом его карьера заканчивалась.
Наконец, 18 марта 1871 года было приобщено к делу заключение графологической экспертизы текста завещания Козьмы Беляева от 10 мая 1858 года, гласившее: «Оспариваемая подпись на духовном завещании „Козьма Беляев” сходства с его несомненным почерком не имеет как по характеру, так и по стилю букв, равно как по связи их. Росчерк в подписях Беляева совершенно свободный; на духовном же завещании этот росчерк не представляет и подобия несомненного росчерка. Вообще подпись на духовном завещании „Козьма Беляев” представляет весьма плохое подражание несомненным подписям Беляева».
Относительно самого текста высказывалось следующее замечание: «Первая половина текста писана сжато, вторая – разгонисто, последние две строчки снова сжаты так, что можно прийти к заключению, что текст завещания пригонялся к подписи». Последнее означало, что первыми на чистом листе бумаги были написаны слова «Козьма Беляев» и лишь позднее над ними появились два десятка строк текста.