Арестовал Папулию, проживавшего, как сообщил на суде Гоглидзе, в одном доме с Берией и работавшего на железной дороге, Рапава в 1937 году. Дело по обвинению находилось под личным контролем Берии. Особый интерес «самого» объяснялся мотивами мести, а также тем, что от Папулии добивались показаний в подготовке террористического акта против «вождя закавказских народов». И он дал такие показания.
Обвинительное заключение по делу Папулии Орджоникидзе утвердил Гоглидзе 9 ноября 1937 года и в тот же день по решению «особой тройки» под председательством Гоглидзе приговор о расстреле привели в исполнение.
Пытаясь смыть хотя бы частично с себя это позорное пятно, Гоглидзе в последующем всю вину свалил на Берию. «Я считаю, — утверждал он в ходе следствия, — что Берия к делам Папулии Орджоникидзе, Бедии, Дарахвелидзе проявлял личную заинтересованность и мстительность». Кобулов в объяснениях по этому поводу оказался не менее усерден: «В Грузии широко было известно, что Папулия Орджоникидзе был человеком болтливым и на организацию какой-либо серьезной вражеской работы не был способен. Это не могло не быть известно и Берии. Тем не менее по его указанию Папулия Орджоникидзе был арестован и расстрелян. Этот факт сам по себе наглядно свидетельствует об отношениях Берии к Серго Орджоникидзе и далеко идущих замыслах Берии».
Но месть за поддержку, помощь и благородство на этом не прекратилась. Берия считал себя человеком масштабным и проявлял соответствующую мстительность. Вслед за Папулией Орджоникидзе в числе врагов народа и… Берии оказалась жена Папулии — Нина. Формальным поводом для ареста послужила наскоро состряпанная справка, в соответствии с которой Н. Д. Орджоникидзе, как жена государственного преступника, осужденного Военной коллегией Верховного суда СССР к высшей мере, подвергалась на полном законном основании репрессиям. Фальшивость справки обнаружилась, конечно же, спустя годы. Ложь заключалась в том, что П. К. Орджоникидзе расстреляли не по решению Военной коллегии Верховного суда, а по преступному уговору «особой тройки».
Так или иначе, но Н. Д. Орджоникидзе предъявили ордер на арест, подписанный Б. 3. Кобуловым, и она оказалась в застенках НКВД. Нина проявила настоящее мужество и стойкость. Как ни старались «опричники», сломить ее волю не смогли. Она не давала показаний ни в принадлежности к контрреволюционной организации, ни в антисоветской деятельности, ни в участии подготовки покушения на Л. П. Берию. Более того, она всеми силами отстаивала невиновность и честь своего покойного мужа. Кстати, последнее и послужило «главной уликой» ее «контрреволюционности». Главной и единственной. 29 марта 1938 года цело Нины Орджоникидзе рассмотрела «тройка» и вынесла решение заключить «контрреволюционерку» в исправительно-трудовой лагерь сроком на десять лет. Но этой мести Берии хватило только на два месяца. 14 июня того же года «особая тройка» под председательством Гоглидзе вторично рассмотрела дело Н. Д. Орджоникидзе и вынесла окончательное решение — расстрел. На следующий день приговор привели в исполнение.
Став наркомом внутренних дел СССР, Берия получил возможность удовлетворить свой мстительный замысел до конца и расправиться со вторым братом Серго — К. К. Орджоникидзе, работавшим в Москве. Арестовали его 5 мая 1941 года. На всем протяжении следствия, длившегося более трех лет, его допрашивали три раза, не добившись от него никаких признаний. Тем не менее 24 августа 1944 года К. К. Орджоникидзе осудило Особое совещание при НКГБ СССР к пяти годам лишения свободы. Формулировка — «социально вредный элемент». Правда, повод нашелся: арестованный хранил два пистолета, один из них — подарок брата. За такое преступление его поместили в одиночную камеру особой тюрьмы. В ноябре 1946 года К. К. Орджоникидзе, уже отбывший срок наказания, вновь предстает перед Особым совещанием за те же «грехи» и снова водворяется в тюрьму. В марте 1953 года — то же самое. Таким образом он содержался по прихоти Берии 12 лет в тюремных застенках. Но, как видно, Берия к нему оказался более благосклонен, а скорее всего просто не успел довести свое черное дело до логического конца.