Если оставить в стороне беллетристику, то о Месмере доподлинно известно только то, что он попытался свернуть финансовые дела в Париже и вложить большую часть своего богатства во французские государственные облигации. Никто не знает, куда именно он ездил, слухи о его будто бы длительном пребывании в Англии, скорей всего, являются вымыслом. К началу революции он был за границей или, по крайней мере, не в Париже. Возможно, вследствие того, что большая часть его пациентов и последователей были аристократами — хотя на гильотину попали и последователи, такие как Бергассе и д’Эпремесниль, и противники, включая Байи и Лавуазье — он счел благоразумным держаться подальше от Парижа; кратковременный визит последовал лишь в 1792 году между посещениями Вены в 1791 и 1793 годах. Он также провел какое-то время в Германии у своего издателя Мишеля Макло в Карлсруэ в Бадене. В 1793 году при попытке вернуться в Вену он был задержан по частично сфабрикованному политическому обвинению. Во время какого-то разговора он зачем-то постарался провести различия между экстремизмом якобинцев и оправданной борьбой за свободу жирондистов. Тогда как в Вене начала 90-х годов XVIII в. политкорректными считались те, кто одинаково яростно проклинал всех французских революционеров, независимо от их оттенка или цвета. В самом деле, король и королева Франции были только что обезглавлены, и все королевские фамилии в Европе чувствовали себя весьма неспокойно. Таким образом, Месмеру приписали радикализм и отправили на два месяца в тюрьму. После освобождения 18 декабря 1793 года он, по всей видимости, отправился в Швейцарию, где несколько лет прожил в Фрауенфельде, столице кантона Тургау.
Естественно, Месмеру хотелось вернуть деньги, оставленные в Париже. В 1798 году, когда к власти пришла Директория и стало более-менее безопасно, он вернулся во Францию в надежде хоть как-то компенсировать финансовые потери, ибо государственные облигации, в которые он вложил состояние, обесценились революцией. Он тихо прожил три или четыре года в Версале и Париже, стараясь держаться подальше от животного магнетизма. В 1799 году вышла его книга «Мемуары Ф.А. Месмера, доктора медицины, касающиеся его открытия». В том же году он направил министру науки и культуры Швейцарии, почетным гражданином которой стал в 1798 году, предложение по устройству постоянной клиники. Повторилась все та же старая история. Министр написал ему: «Ваши труды по животному магнетизму, вне всякого сомнения, подкрепляют общепринятое мнение о наличии у вас плодовитого и во всех смыслах примечательного воображения. Но, откровенно говоря, не могу скрыть от вас моего нежелания способствовать развитию физической теории, до сих пор не подкрепленной экспериментальными данными». Заверив Месмера, что это вовсе не «слепое предубеждение», он наотрез отказался поддерживать идею создания клиники на швейцарской земле.
В конце концов французское правительство пожаловало Месмеру пенсию в размере три тысячи франков в год. Этого вполне хватало на безбедное существование, но никак не компенсировало те четыреста тысяч ливров, которые он потерял. Он также жаловался на жену, будто бы растратившую все его состояние в Вене, но это совершенная неправда, ибо деньги были, в первую очередь, ее. Он вернулся на Боденское озеро и жил попеременно то во Фрауенфельде, то в Меерсбурге. Месмер вел уединенный образ жизни, пользуясь услугами экономки и пары слуг, и вряд ли был в курсе прогресса собственного детища. Он изредка принимал у себя посетителей, и один из них, доктор Иоганн Хайнрих Эгг, оставил нам весьма показательное сообщение о своем визите. В нем Эгг тепло отзывается об общительности и познаниях Месмера, о доброте, с которой тот бесплатно лечит местных пациентов, попутно автор признается, что Месмер в разговоре постоянно возвращается к одним и тем же больным для себя вопросам: собственной значимости, узколобости медицинских авторитетов, глупости современной медицины. В одном месте Эгг спрашивает, почему Месмер рекомендует брать для купания речную воду, а не ключевую, и без тени юмора Месмер отвечает, что речная вода, дескать, больше намагничена по сравнению с водой из источника, по той простой причине, что на нее светит солнце, которое он, Месмер, магнетизировал. Эгоцентризм этого человека демонстрировал также и висящий в гостиной портрет, изображающий Месмера в виде гения, празднующего победу животного магнетизма над всеми другими формами медицины.
