На следующий год, в возрасте 85 лет, знаменитый естествоиспытатель скончался (11 мая 1858). Его тело было перевезено в Рестаурасьон (ныне Пасо-де-лос-Либрес). К моменту смерти он был директором-учредителем Музея естественных наук Корриентеса — почетный пост, предоставленный ему вскоре после свержения Росаса. Губернатор отдал распоряжение набальзамировать труп, чтобы все население Корриентеса могло принять участие в похоронных почестях, которые должны были продолжаться семь дней. Однако предусмотренная церемония была нарушена одним пьяным, набросившимся с кинжалом на труп, выставленный на свежий воздух в переднем патио дома и окутанный дымом ароматических и медицинских трав, употребленных для его мумификации по методу, указанному в рукописях самого Бонплана. Выходка пьяного объяснялась тем, что он вообразил, будто знаменитый и всеми любимый врач отказывался лечить его — вещь совершенно невозможная, учитывая вошедшие в поговорку благожелательность и любезность покойного.
Потомок Верховного, старый Макарио де Итапе, рассказал этот эпизод одному посредственному писаке, который так излагает его:
