Создание атомного оружия в СССР сопровождалось жесткими мерами секретности и безопасности, что диктовалось существовавшей в то время политической обстановкой в стране и мире. В книге Л.А. Кочанкова «Служба безопасности РФЯЦ-ВНИИЭФ. История создания и развития» (Саров: ФГУП «РФЯЦ-ВНИИЭФ», 2006) отмечено: «Разумеется, на усиление режима секретности повлияли и результаты весьма успешной операции советской разведки по вскрытию глубоко законспирированного Манхэттенского проекта», а также то, что «...в советское время высокая политическая бдительность считалась священной обязанностью каждого гражданина СССР».
Советская внешняя разведка, как уже было отмечено, своевременно получила сведения о работах, ведущихся в США по созданию атомной бомбы, и о мерах секретности этого проекта. По настоянию его руководителя генерала Лесли Гровса была создана собственная служба безопасности численностью 435 человек, которая действовала независимо от ФБР и военной контрразведки. Соблюдение конспирации и секретности на всех объектах проекта осуществлялось весьма тщательно. Все сотрудники, имевшие отношение к проекту, проверялись, как говорится, до «третьего колена». Переписка между объектами была сведена к минимуму и тщательно кодировалась. Ученые и ведущие специалисты при переписке и повседневном общении пользовались псевдонимами. Манхэттенский проект оставался секретом в том числе и для руководящего состава администрации США. Даже госдепартамент США до начала Ялтинской конференции (4—11 февраля 1945 г.) ничего не знал о проекте. Генерал Гровс не раз с гордостью подчеркивал, что ему удалось создать непроницаемую завесу, сохранившую секреты Манхэттенского проекта. Однако для советской разведки эта завеса оказалась не такой уж непроницаемой... Надо было и наш атомный проект плотно закрыть от посторонних глаз и ушей. И органы Госбезопасности следили за этим особенно бдительно, так как хорошо знали, в каких условиях сверхсекретности работали ученые в Лос-Аламосе.
«Атомный» разведчик, Герой России полковник в отставке Владимир Борисович Барковский рассказывал Е.В. Квасниковой, Е.Д. Стукину, А.М. Матущенко при личной встрече, как с учетом опыта разведки выбиралось место для размещения КБ-11. Сейчас мы читаем у Л.А. Кочанкова: «17 января 1946 г. для И.В. Сталина был подготовлен большой доклад о состоянии работ по получению и использованию атомной энергии... В докладе, в частности, отмечалось: "Учитывая особую секретность работ, решено организовать для конструирования атомной бомбы специальное конструкторское бюро с необходимыми лабораториями и экспериментальными мастерскими в удаленном, изолированном месте. Для размещения этого бюро намечен бывший завод производства боеприпасов № 550 в Мордовской АССР в бывшем Саровском монастыре (в 75 км от ж.-д. станции Шатки, юго-восточнее г. Арзамаса), окруженном лесными заповедниками, что позволит организовать надежную изоляцию работ... "
Когда в СКО стали готовить постановление СМ СССР о КБ-11, задумались: хотя документ имеет высший гриф секретности («совершенно секретно / особая папка»), но он в виде выписок пойдет по ведомствам и организациям. В документе будет записано, что создается КБ для разработки атомной бомбы. Это станет известно многим в Москве, и может произойти утечка сведений. А если это дойдет до разведок капиталистических стран, там сделают вывод: СССР близок к созданию атомной бомбы. На деле же еще ничего нет: ни урана, ни плутония, ни чистого графита, нет даже опытного реактора, с которого начинали американцы. Утечка сведений о создании КБ-11 могла подтолкнуть правительство США к применению силы против СССР для достижения своих гегемонистских устремлений.
Поэтому постановление СМ СССР № 805-327 сс/оп от 9 апреля 1946 г. вышло в зашифрованном виде. Вместо «разработка атомной бомбы» было «разработка конструкции и изготовление опытных реактивных двигателей...».
Почему была выбрана такая зашифровка, а точнее, дезинформация? Реактивные двигатели, как и атомная бомба, связаны с авиацией и ракетной техникой. СССР в это же время начинает интенсивно развивать реактивную авиацию и ракетную технику. Л.П. Берия как заместитель председателя СМ СССР курировал разработку реактивных управляемых снарядов для систем ПВО страны. Он присутствовал на испытаниях ракетной техники на полигоне Капустин Яр. Создание реактивной авиации и ракетной техники полностью не скроешь (самолеты и ракеты летают), вот и дали дезинформацию о КБ-11, чтобы раньше времени не раскрывать его действительное назначение...