Ночь спустя честный бюргер вышел с клеймом «опасного фанатика», в связи с чем он был вынужден обратиться к члену городского совета. За этим следует официальное обвинение Бёме как члена городской общины, посещающего каждое воскресенье городскую церковь. В воскресной проповеди 28 июля 1613 года Рихтер обвиняет испуганного сапожника в острой проповеди. Во вторник 30 июля старший пастор приказывает направить обвиняемого в служебное помещение. Бёме, твердый в Библии, должен выдержать допрос об исповедуемой им вере. Ему запрещают впредь браться за перо. Он, запуганный и опасающийся за свою репутацию, а также за участь своей семьи, — соглашается.
Для тридцативосьмилетнего Бёме начинается тяжелое время испытаний. То, что его призвание — отнюдь не ремесло сапожника, ему давно было понятно. Еще до того как пасторская служба и городской совет предпринимают против него меры, он в марте 1613 года продает свою сапожную лавку. Для того чтобы приобрести большую подвижность — для исполнения своей мессианской задачи, — Бёме вместе со своей толковой женой начинает торговлю пряжей. Этот новый для него род деятельности требует поездок, во время которых он также может посещать своих друзей и товарищей по убеждениям. В письмах, которые он рассылает, Бёме говорит порой о необходимости тайного языка. Испытанием для него становятся годы с 1613-го по 1620-й, в это время противники Бёме нарушают условия достигнутого соглашения: