Следствие по делу Мировича было недолгим, а главное – необыкновенно гуманным, что для дел подобного рода того времени кажется странным. Екатерина II запретила пытать Мировича, не позволила допросить многих его знакомых и даже брата арестанта, отделавшись шуткой: «Брат мой, а ум свой». Обычно же на следствии в политической полиции родственники становились первыми из подозреваемых в пособничестве преступнику. Мирович держался необыкновенно спокойно и даже весело. Складывалось впечатление, что он получил какие-то заверения относительно своей безопасности. Он был спокоен, когда его вывели на эшафот, построенный на Обжорке – грязной площади у нынешнего Сытного рынка в Петербурге. Собравшиеся на казнь несметные толпы народа были убеждены, что преступника помилуют. Ведь уже больше двадцати лет людей в России не казнили. Палач поднял топор, толпа замерла…
Принято, что в этот момент секретарь на эшафоте останавливал экзекуцию и оглашал указ о помиловании, жалуя, как тогда говорили, «вместо смерти живот». Но этого не произошло, секретарь молчал, топор обрушился на шею Мировича, и голова его тотчас была поднята палачом за волосы. Теперь известно, что казнь должна была непременно состояться. Накануне экзекуции палачи долго тренировались на бойне – вострили навык на баранах и телятах. Народ же, как писал Г. Р. Державин, бывший очевидцем казни, «ждавший почему-то милосердия государыни, когда увидел голову в руках палача, единогласно ахнул и так содрогся, что от сильного движения мост поколебался и перила обвалились». Люди попадали в Кронверский крепостной ров. Истинно, концы были схоронены в воду… а также в землю. Ведь еще раньше казни Мировича Екатерина распорядилась закопать тело Иванушки тайно, где-нибудь в крепости.