Исследование юбиляром различных аспектов Тридцатилетней войны в определенной мере подытожила одноименная монография, где автор попытался представить сложившийся комплекс взглядов современной немецкой историографии на известные события и персонажей, критически проанализировать саму традицию рассматривать Тридцатилетнюю войну как общеевропейский конфликт. Для Андрея Юрьевича Прокопьева это прежде всего «Немецкая война», причины которой лежали в плоскости институционального устройства Империи и религиозного раскола, вызванного Реформацией. Наряду с детальным описанием предпосылок, военных действий, переговоров и расстановки сил на различных этапах Тридцатилетней войны, автор затрагивает такие важные темы, как отношение к войне современников и потомков («война и литература», «война и живопись» и др.), и в конечном счете – роль войны в формировании «немецкой нации». Долгое время о Тридцатилетней войне на русском языке можно было почитать лишь монографию В.М. Алексеева 1961 г. и переведенную в 2012 г. книгу 1938 г. английского историка С.В. Веджвуд (обе работы считаются классическими, но при этом воспроизводят стереотипы XIX – первой половины XX вв.). Вышедший в 2015 г. под редакцией Ю.Е. Ивонина сборник «Кризис и трагедия континента. Тридцатилетняя война (1618–1648) в событиях и коллективной памяти Европы» рассматривает войну как общеевропейскую и сосредотачивается, в первую очередь, на международных отношениях со Священной Римской империей Франции и Швеции, а также внешней политике этих королевств, хотя на его страницах освещаются также вопросы историографии, восприятия войны обществом и его отражение в пропаганде Германии, Швеции, Англии, Польши, поднимается тема последствий войны.
Роль Андрея Юрьевича Прокопьева в отечественной германистике сложно переоценить – он является ведущим специалистом по истории Германии второй половины XVI – первой половины XVII вв., ее социальной жизни, конфессионализации, вопросам территориальной государственности, и, конечно же, проблемам немецкого дворянства и его повседневности. Интересы юбиляра воплотились в более чем сотне статей, нескольких учебных пособиях и трех вышеназванных монографиях – Германия в эпоху религиозного раскола 1555–1648 (2002 г., переиздана в 2008 г.), Иоганн Георг I (1586–1656), курфюрст Саксонии. Власть и элита в конфессиональной Германии (2011 г.), Тридцатилетняя война (2020 г.). Статьи юбиляра регулярно выходят в российских, немецких и чешских журналах. С 1998 г. Андрей Юрьевич Прокопьев выступал на конференциях в Германии, Франции, Чехии и Китае, он читал лекции в университетах Тюбингена, Дрездена, Гейдельберга, Грайфсвальда и Галле-Виттенберга.
Любая наука нуждается в диалоге, дискуссиях, попытке понять «другого», поэтому научные конференции являются важным инструментом научного обогащения и двигателем научного прогресса. Андрей Юрьевич Прокопьев неоднократно организовывал международные научные конференции и круглые столы, в которых принимали участие ведущие отечественные и зарубежные ученые. Самой первой из таких встреч стала конференция, посвященная проблемам конфессионализации в Западной и Восточной Европе, состоявшаяся в 2000 г. Тогда впервые в России это понятие было рассмотрено с разных сторон, участники конференции провели параллели между немецкой Реформацией и церковным расколом на Руси. Большой интерес в научной среде вызвали конференции 2012–2013 гг. – «Война в зеркале историко-культурной традиции: от античности до Нового времени» и «К 400-летию Дома Романовых. Монархии и династии в истории Европы и России». 500-летию выступления Мартина Лютера была посвящена конференция 2017 г. «Религия и общество в Европе: от Средних веков к Новому времени», в следующем году к 400-летию начала Тридцатилетней войны прошел одноимённый международный круглый стол.
Став в 2015 г. заведующим кафедрой истории средних веков, юбиляр возглавил организационный комитет «Курбатовских чтений» – всероссийской научной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых, с этого времени сборники студенческих статей начинают выходить регулярно.
Помимо научных исследований, Андрей Юрьевич Прокопьев ведет активную педагогическую, учебно-методическую и организационную работу. Он читает общие и авторские курсы как в бакалавриате, так и в магистратуре, в том числе «Историю средних веков» (первую часть, V–XV вв.). Андрей Юрьевич был одним из главных разработчиков магистерской программы «Становление современной западной цивилизации» и в настоящее время возглавляет её. За годы своего существования популярность программы среди студентов как петербургских вузов, так и учебных заведений России и стран СНГ остается неизменно высокой.
