На внешнем фронте Мартену постоянно приходилось лавировать между Моголами и махаратхами, и здесь ему вполне удавалось проявлять свое дипломатическое искусство. Тем временем обстановка в Европе накалялась, Англия после революции 1689 г. перестала быть союзником Франции. Свержение Якова II Стюарта и избрание на английский престол правителя Голландии Вильгельмa III Оранского означало создание англо-голландского союза
В 1692 г. вспыхнула война между Францией и англо-голландской коалицией. 21 августа 1693 г. к Пондишери подошла голландская эскадра.
Пондишери был обречен, после двухнедельной осады он капитулировал. Мартена перевезли в Батавию (нынешняя Джакарта), откуда голландские победители хотели отправить его в Европу, но француз обхитрил своих противников, и ему удалось вскоре оказаться в Бенгалии, где он взял на себя руководство всеми французскими факториями в Касимбазаре и Шандернагоре (по-индийски Чандер-нагар).
После того как в 1697 г. в Рисвике был заключен мир, Мартен приехал в Пондишери, перешедший по договору в руки французов. В городе стала налаживаться жизнь. Во Францию разрешили ввозить отбеленный ситец, корицу, перец и другие товары, вскоре здесь появились ткачи. Уже в 1700 г. Пондишери вновь занял преобладающее место среди французских колоний и факторий.
Мартен добился от Компании многих привилегий и стал фактически полновластным губернатором. В его руках находилась гражданская и военная власть. Верховным органом был объявлен Высший совет. Его председателем был губернатор, советники выполняли различные функции: верховного судьи, военного комиссара, прокурора… Многое французская администрация заимствовала у своих голландских и английских соседей. Так же, как англичане и голландцы, французы собирали подоходные налоги с местного населения.
Вокруг Пондишери обстановка была неспокойной. Но небольшой гарнизон Пондишери успешно отбивал атаки местных феодалов и отрядов махаратхов.
Внутренняя жизнь Пондишери была сопряжена со многими трудностями. Корабли привозили из Европы слитки серебра и золотые монеты. Вначале Мартен пытался разменивать их на рупии. Тамильские купцы расплачивались монетой низкого качества, и французы проигрывали на обмене. Мартен решил чеканить собственную монету с изображением индийской богини Лакшми. Но монета не получила распространения потому, что, во-первых, индийцам не понравилось изображение и, во-вторых, местные капуцины и иезуиты объявили святотатством наличие силуэта языческой богини на французской монете. Чеканку монет пришлось свернуть. Вскоре разразился религиозный конфликт, во время которого иезуиты пытались вмешиваться в повседневную жизнь индийцев. Главы каст выдвинули ультиматум: или иезуиты прекращают нападки или индийцы покинут город. Так французы столкнулись с кастами Индии, которые не позволили вмешиваться в их религиозную жизнь. Этого Мартен допустить не мог.
Мартен написал письмо в Париж с требованием образумить иезуитов, но только в 1707 г., уже после симерти Франсуа Мартена, пришло послание от отца Ла-Шеза к иезуитам Пондишери, в котором предписывалось быть сдержанными по отношению к индийцам.
В последние годы губернаторства Мартена Пондишери активно укреплялся. Был построен мощный форт. Вокруг города возникали один за другим бастионы – так Пондишери стал наиболее укрепленной французской колонией в Индии.
В 1701 г. началась Война за испанское наследство. Внук Людовика XIV стал королем Испании. Возникла возможность франко-испанской унии и превращения Франции в мощную колониальную державу. Этого не могли допустить ни Англия, ни Голландия. Война шла 14 лет и окончилась фактическим поражением Франции. Несмотря на то, что на испанском троне остались Бурбоны, единое франко-испанское государство создано не было. К тому же в ходе военных действий выявилось значительное превосходство англо-голландского флота над французским.
Положение Компании Восточных Индий становилось все более неопределенным. Мартен умер в 1706 г., в разгар Войны за испанское наследство. Его последний дипломатический успех состоял в заключении джентльменского соглашения о нейтралитете колоний во время войны в Европе.
Многолетняя Война за испанское наследство принесла серьезный ущерб экономике французского королевства. Торговля между Францией и Индией почти прекратилась. Ткачи и другие ремесленники начали покидать Пондишери. Уезжали из него также многие купцы и чиновники.
