В 1591 году приходят трагические вести из Углича. Малолетний царевич Димитрий, успевший подтвердить детские доблести отца кровавым убийством угличских кошек, собак и кур, с ними вступал он в сражения непредсказуемые, вдруг неожиданно умирает, зарезавшись ножичком. Новость ужасная, ибо, как не верти, Димитрию надлежало наследовать бездетному Феодору. Годунов посылает в Углич комиссию во главе с Василием Шуйским, тянувшим в положении пристяжного державную колесницу.
Расследование воссоздало события злосчастного дня: 15 мая, в субботу, царевич чувствовал себя слабым после припадка падучей. В шестом часу дня ( в начале второго пополудни по современному времени) не до конца отстояв обедню, он вернулся в каменный терем, для него с матерью заново отстроенный. Сюда ему принесли просфору. Съев ее, младенец попросил пить, а после того пошел со своей нянькой Тучковой-Ждановой погулять на берег Волги, тот был недалече. Мать с царевичем не пошла. Дяди Нагие разъехались по своим домам обедать и послеобеденно спать.
Нянька вела царевича за руку. Они мирно беседовали. И, если царевич и наступал ей на подол сарафана или ногу, оттуда выныривающую, то без умысла… Далее нянька утверждала, что почуяла, как ее ударили по голове палкою. Когда пришла в себя, в ногах ее лежал истекающий кровью осьмилетний младенец. Понятно, что не в интересах няньки было признаваться, что она отвлеклась, и, страдавший падучей царевич упал на им же выставленный ножичек.
Смерть царевича убирала еще одно препятствие на пути Бориса к формальной власти, фактической он обладал. Завистники Бориса немедленно приписали гибель наследника его людям, приставленными к осьмилетнему «младенцу» для охраны. В антигодуновских писаниях нянька Жданова упорно именуется кормилицей, будто восьмилетний царевич еще грудным молоком питался. Не след перечислять другие несообразности. Госкомиссия Шуйского постановила: «… жизнь царевича прекратилась судом Божьим».
Не прошло двух месяцев после кончины царевича, как взметнулись за Окой бунчуки крымского хана Казы-Гирея, преемника скончавшегося Мухаммада, то есть Ислама. Ночевал хан в Лопасне и шел к Москве. Феодор с Ириною молились и плакали в соборе. Воевода Григорий Васильевич Годунов будто бы отирал царю слезы, обещая: «Завтра не станет хана!» Борис выехал к войску, утвердив на случай неудачи командующим Феодора Ивановича Мстиславского,
Наши встали, окружившись повозками. Всю ночь Годунов ходил среди воинов, укреплял дух, советовал и принимал советы, требовал доверенности и находил обещания. Слышали конский топот, бряцанье оружия. Хан крался осторожно, встал у села Коломенское. Указал царевичам без сигнала ударить на московитов. Крымчаки осыпали русский лагерь стрелами. За раздвинутые повозки встречь им вышли отборные охотники, нанятые дружины немецкие и литовские, с капитанами. Главное войско оставалось за щитами, ждало часа. Поставленные на козлы палили пушки. Им отзывались пушечные залпы со стен монастырей и Кремля, поддерживающий пущенный через перебежчиков слух, что, как при Молоди, идет подкрепление из Пскова и Новгорода. Подученный народ вопил ложной радостью.
Московиты преобладали пищалями. Враг подался и отступил, покрывая песчаное поле трупами и ранеными. Годунов гнался за Казы-Гиреем до Тулы. Хана не поймали. В простой телеге, лишенного ханского возка и половины войска, его свезли в Бахчисарай.
По победе Феодор отсыпал Феодору Мстиславскому и Годуновым португальских монет золотых. Другим воеводам – ганзейских
В память победы над ханом Борис заложил Донской монастырь - на его месте стояло русское войско. На следующий год у Ирины родилась дочь Феодосия. Молились о наследнике мужского пола. У самого Бориса уже была девятилетняя дочь Ксения и трехлетний Федор. Феодосия скончалась, прожив несколько месяцев.
Во внутренней политике Борис поддерживал служилое сословие. Он запретил крестьянам менять собственника в Юрьев день, сокращая гибельность миграции, разорявшей владельцев. Землепашцы и дворовые, бежавшие из поместий и вотчин в течение предшествовавших закону пяти лет, должны быть отыскиваемы и возвращаемы к повиновению. Те, кто прослужит у господ не менее полугода, провозглашались вечными безгласными холопами, о чем записывалось в приказную книгу. Благо одним, горе другим.
