Толмачев был комиссаром отряда, сражавшегося против Александра Ильича Дутова. Полковник царской армии Дутов был в 1917 году избран атаманом оренбургского казачества и членом Учредительного собрания. Адмирал Александр Васильевич Колчак, назвавший себя Верховным правителем России, пожаловал Дутову генерал-лейтенантские погоны и поставил во главе Оренбургской армии. Дутов предпочитал называть себя «походным атаманом всех казачьих войск».
Во время борьбы с поднявшими мятеж против советской власти чехословацкими военнопленными Толмачева назначили помощником командующего Сибирско-Уральским фронтом. Штаб фронта находился в Екатеринбурге, и в этом городе одна из улиц до сих пор носит его имя. После VIII партийного съезда (март 1919 года) Толмачева оставили в Петрограде заведовать агитационным и культурно-просветительным отделом в окружном военном комиссариате.
Во время наступления на Петроград Северо-Западной армии генерала от инфантерии Николая Николаевича Юденича в мае 1919 года Николай Толмачев отправился на фронт организовывать оборону лужского участка. Он возглавил батальон, оборонявший стратегически важный пункт Красные Горы. Батальон окружили. Не желая попасть в плен, Толмачев покончил с собой. Ему было всего двадцать четыре года.
Николая Гурьевича похоронили на Марсовом поле в Санкт-Петербурге рядом с такими известными в революционные годы людьми, как застреленный студентом-эсером председатель Петроградской ЧК Моисей Соломонович Урицкий и убитый во время Ярославского мятежа председатель губернского исполкома Семен Михайлович Нахимсон.
На базе созданных Толмачевым курсов политработников открыли Красноармейский учительский институт, а в 1925 году институт преобразовали в Военно-политическую академию, которой присвоили его имя. Академия первоначально разместилась в здании бывшего Военного министерства на Адмиралтейском проспекте, потом ее перевели в более скромное помещение.
В декабре 1927 года слушатели и преподаватели Военно-политической академии имени Н.Г. Толмачева обратились в политуправление Красной армии с развернутым письмом, в котором поставили вопрос о разграничении полномочий командного и политического состава вооруженных сил.
Ответа они не получили.
15 марта 1928 года партийное собрание Военно-политической академии приняло резолюцию, в которой говорилось о падении активности партийных организаций и политических органов в войсках, умалении роли партийных органов. По мнению толмачевцев, введение единоначалия вело к отрыву командных кадров от рядовых красноармейцев и насаждению нравов старой армии — фельдфебельщины и муштры в подготовке красноармейцев.
Секретарь парторганизации академии говорил:
— Практика введения единоначалия показывает, что оно внедряется наспех. Ты командир, ты коммунист, ну и будь единоначальником! Не посмотрят на то, достоин ли он занять такую ответственную должность, как должность руководителя политической жизни части, а механически соединяют в лице командира-коммуниста и политработника, даже когда он не приспособлен к такой работе.
То же самое говорилось на Московской гарнизонно-губернской конференции военных ячеек, совещании гарнизонного актива в Харькове, совещании комиссаров и секретарей партийных организаций военно-учебных заведений и соединений ленинградского гарнизона.
23 мая большое совещание руководящего политсостава прошло в Белорусском военном округе. Белорусская резолюция в значительной степени повторяла толмачевскую.
И главное — всеармейское совещание секретарей партийных ячеек поддержало толмачевцев.
Ворошилову о настроениях среди политработников доложили чекисты — особый отдел ОГПУ. Нарком счел это выражение недовольства со стороны политработников недопустимым.
В Ленинград отправился начальник политуправления Красной армии Бубнов. Он выступал перед слушателями Военно-политической академии, внушал им, что нельзя противопоставлять командный состав политическому. Резолюцию партсобрания академии запретили распространять в войсках.
Ворошилова же больше задела белорусская резолюция, потому что она ставила вопрос о компетентности военного руководства и сигнализировала о насаждении очковтирательства и фельдфебельщины в войсках. Это нарком воспринял как личный выпад. Он вызвал к себе руководителей политорганов Белорусского военного округа и разговаривал с ними жестко:
— Вы бросаете неслыханные обвинения руководству Красной армии. Вы хотите сказать, что вами руководят люди, которых нужно сажать... Либо вы увлекаетесь, либо положение в армии катастрофическое.
Второе предположение Ворошилов решительно отвергал. Он потребовал наказать политработников, осмелившихся критиковать наркомат.
18 июня 1928 года майская резолюция совещания политического состава Белорусского военного округа была отменена.
