Последние годы Эхнатона прошли под знаком исключительности образа фараона (см. выше) и были ознаменованы не только проявлением воинствующей нетерпимости к вере в иных богов, но и переосмысливанием самого понятия "бог" (в том числе и представления: "фараон как бог"). Так, на двенадцатом году царствования Эхнатон вообще запретил не только термины "боги" и "бог", но даже и знаки, их представляющие; а Атон (Йот) был объявлен "владыкой; властителем добрым" (как и сам Эхнатон). Прежнее наименование бога Атона "Ра-Горахте-Шу" было поделено на части - "Ра-Горах-ти" и "Шу" (с соответствующим текстом, например: "Шу, который (есть) Солнце (фараон Эхнатон)"), и каждая заключена в отдельный картуш, подобный картушу для имени фараона (Ю.Я. Перепёлкин "Тайна золотого гроба". 1969). В конечном итоге монотеистическая нетерпимость Эхнатона свела первоначальное наименование Атона к виду: "Ра, властитель небосклонный" (небосвода) (см. выше).
Город Ахет-Атон прославлялся (надпись в гробнице) как "могущественный город лучезарного Атона, великий в своём очаровании... полный богатств, с (огромным) жертвенником Атона в центре него". "Он (Атон) опьяняет мой взгляд... его свет заливает землю... Всё оживает, когда он восходит в храме Атона в Ахет-Атоне". На одной из реставрированных стен города (длиной 3 м) был изображён восход Атона и пробуждение животного мира (иллюстрации к "Большому гимну"). Это был красивый и величественный город (площадь более 200 кв. км; протяженность с севера на юг - 30 км.), "великий очарованием, приятный красотой для глаз", с садами, царскими дворцами и прекрасными храмами (построенный из сырцового кирпича).
Наиболее значительным храмом новой столицы Египта считался храмовый комплекс "Большой Храм Атона" ("Дом Атона в Ахетатоне"), состоящий из нескольких строений (основные): "Дом ликова-ния Атона" ("Пер-хеб" - "Дом праздника, ликования"), "Сень Ра жены фараоновой, великой Нефертити - жива она!", "Восходит Атон" и др. Храмовый комплекс был ориентирован с востока на запад и окружён высокой стеной (рассчитано, что площадь комплекса составляла 730х275 м), что было традиционно для древнеегипетской архитектуры.
Характерно, что "Пер-хеб" состоял из двух зданий: большого - храма Атона (бога-отца), и меньшего по размеру, - ("малого") храма "Эхнатона" (бога-сына), не примыкавших к стене. В храм отца Атона вели великолепные ворота, состоящие из традиционных двух башен по бокам, перед которыми стояла колоннада из восьми колонн (два ряда по четыре колонны по обеим сторонам от ворот). Перед каждой башней располагалось по пяти высоких, тонких флагштоков с длинными, красными полотнищами (эмблемами бога). Храм "Дом ликования (радости) Атона" представлял со-бою обыкновенное чередование пилонов, открытых дворов и колонных зальных помещений. Около пилонов находились небольшие павильоны с колоннами в виде бутонов папируса. Однако в "боль-шом" храме отца Атона не было ни крытых залов, ни наоса (святилища) со статуями богов. Каждый из шести открытых дворов имел в своей середине прямой, слегка приподнятый проход, по обеим сторо╛нам которого правильными рядами располагалось множество маленьких жертвенников (всего обнару╛жено 360 кирпичных цоколей от алтарей). В центре первого двора храма стоял огромный алтарь, на который вела лестница (из девяти ступеней). Подмечена связь с гелиопольской традицией: "святая святых" "большего" храма Атона, - то место, где божество "ликует", именовалось "хут Бен-Бен" - "двор Бен-Бен" (символ Бенбен хранился в храме Гелиополя).
В "малом" храме (бога-сына), перед каждой из колонн, поддерживающих портик, стояли статуи Эхнатона и его жены либо дочери (меньшие по размеру). Во внутреннем, закрытом, дворе этого храма находился алтарь (всего алтарей в главном храмовом комплексе было восемь). По периметру двора располагались небольшие молельни с жертвенниками.
Как пишет археолог Мелица Матье, чтобы придать зданиям храма соответствующую нарядность и одновременно скрыть бедность материала (кирпич-сырец), из которого он был построен, архитекторы уделили много внимания декорированию. Каменная облицовка стен храма и колонны были покрыты цветными рельефами. Части фигур на рельефах выполнялись вставками из различных камней, таких, как небесно-голубой лазурит, ярко-красный сердолик, бирюза, золотисто-желтый песчаник, а также из стекла и фаянса. И это было новым приемом в оформлении храмов.
В отличие от храмов иных богов Египта, храмовый комплекс был открыт для всех, никаких недо-ступных для верующих мест в нем не было. Чтобы "все страны могли прославлять тебя (бога Атона) на восходе и закате", церемонии богослужения в храме и совершались, по-видимому, в это время суток.
Отметим, что в Ахет-Атоне были и такие храмы, как: "Двор Атона" - личный храм семьи фараона, расположенный во дворце неподалёку от личных покоев Эхнатона (в которых находились святилиша отца и деда); "Сень Ра" - храмы, посвященные матери Эхнатона Тийе и его дочерям; "Проводы Атона на покой" - храм вечерних богослужений, где главной жрицей была сама Нефертити.