Два мира враждуют в «Волшебной флейте»: царство грозной повелительницы ночи и солнечное царство мудреца-гуманиста Зарастро. В лагере царицы ночи господствуют коварство, злоба, черная месть, женская хитрость и похотливая чувственность. Не только мстительные страсти обуревают царицу ночи: она поклялась удержать народ в черном суеверии и разрушить храм мудрости и разума. В этом конечный смысл её смертельной вражды к Зарастро. Ей прислуживают три дамы в черных одеяниях; они, впрочем, лишены каких-либо зловеще мистических черт; по справедливому замечанию историка оперной драматургии Г. Бультгаупта, либреттист придал им характер дам полусвета или кокоток в духе галантных романов XVIII века; их оружие — игривая похотливость и чувственный соблазн. Кроме того, сообщником царицы ночи становится и мавр Моностатос, которому Зарастро доверил стеречь Памину и который домогается её любви с чисто звериной страстью. Царство ночи символизирует мир предрассудков и суеверий, старых воззрений, приводивших к кровопролитию и вражде, — и уже современники Моцарта видели в нем воплощение феодальной реакции, религиозного фанатизма, клерикализма, кликушества и — прежде всего — иезуитизма.
Царству ночи противопоставлено царство мудрого Зарастро — тихая пальмовая роща, где воздвигнуты три храма: Мудрости, Природы и Разума. Сам Зарастро у Моцарта — родной брат лессинговского Натана Мудрого или маркиза Позы из «Дон-Карлоса» Шиллера: его устами говорят терпимость, просветительская философия, европейский гуманизм и либерализм, исповедуемый энциклопедистами и просветителями принцип разума. В мире Зарастро разлит яркий солнечный свет, слышны торжественные звуки труб и тромбонов, царят мир и спокойствие.
Между этими враждующими полюсами — тьмой и светом, царством суеверия и царством разума — мечется ищущий истины человек — Тамино. Подобно Данте в первой песне «Божественной комедии», он оказывается в самом начале оперы — «nel mezzo del cammin di nostra vita», «посреди жизненного странствования» — на перепутье: дорога потеряна, страшный змей преграждает ему путь; перед лицом смерти Тамино безоружен. Но вот появляются три дамы в черном — вестницы царицы ночи. Они убивают змея и вручают Тамино портрет Памины — дочери королевы ночи, похищенной Зарастро. При ударах грома разверзаются скалы и появляется сама царица ночи в усыпанном звездами одеянии: она заклинает Тамино освободить дочь из плена Зарастро. Тамино отправляется на подвиг; ему дан спутник — птицелов Папагено, наивный дикарь в пестрой одежде из перьев; его амплуа — быть своеобразным Санчо Пансой у Тамино; он болтлив и мечтает только о вине и девушке.
Тамино приходит в царство Зарастро и убеждается, что тот, кого он хотел убить, вовсе не является злым волшебником; напротив, это просвещенный мудрец, возглавляющий братство свободных и мужественных рыцарей. Похищение же Памины имеет другие, более возвышенные причины: Зарастро спас её из царства зла и ночи и нашёл ей избранника. Этим избранником будет Тамино, если он окажется стойким, добродетельным и чистым. Тамино готов вступить в содружество мудрых и подвергнуться циклу испытаний. Весь второй и последний акт «Волшебной флейты» и посвящен этим испытаниям: их ритуал довольно точно подсказан розенкрейцерской и масонской обрядностью. Испытание заканчивается моральным торжеством Тамино: он выдерживает искус и на пороге храма мудрости получает руку Памины. Не обделен и его словоохотливый Личарда — Папагено. Ему в жены достается такая же смуглая и одетая в перья, как и он, дикарочка Папагена: их веселый дуэт — двух цветных попугаев — принадлежит к ярчайшим страницам финала оперы.
Такова общая схема сюжетного действия в «Волшебной флейте». В сценическом плане линии восхождения Тамино аккомпанирует своеобразная световая гамма: от холодно-голубого и иссиня-белого царства ночи — к пурпуру возникающих во тьме факелов в руках жрецов храма Мудрости, открывающих глаза Тамино на подлинную сущность Зарасто, и дальше — к светящимся лампам пирамиды, где проходит посвящение Тамино, к огненным воротам последнего испытания и, наконец, к сияющему ослепительным солнечным светом храму Разума.