Присоединив Белоруссию, Екатерина довольно индифферентно отнеслась к религиозному вопросу, потому что он для нее теперь потерял характер политического вопроса. Присоединение Белоруссии отразилось на большом стремлении униатов к соединению с православием. Даже среди епископов заметно было колебание. Но Екатерина II не воспользовалась этим настроением, она обеспечила свободу и неприкосновенность униатской церкви наряду с католической. Во главе униатской церкви в то время был архиепископ Полоцкий Смогоржевский, человек преданный унии и польским политическим стремлениям. Правда, в 1784 г. на его место был назначен Ираклий Лисовский. Деятельность Смогоржевского оставила неприятное впечатление на Екатерину II, почему она начала благосклонно смотреть на вопрос о присоединении униатских приходов. Это развязало руки православному духовенству и, благодаря деятельности Виктора Садковского, воссоединение шло довольно быстро, охватывая значительные районы, особенно в восточной части Белоруссии, где уния так и не успела пустить глубоких корней. Насчитывают более полутора миллионов униатов, перешедших в 90-х годах в православие. Известны случаи, когда переход совершался десятками тысяч человек. Католическая церковь тогда еще не успела соорганизоваться при новой власти для борьбы против перехода из унии в православие. Положение унии при императоре Павле сделалось довольно неопределенным. Император не терпел униатов и покровительствовал католикам. Униатская церковь оказалась под управлением римско-католической коллегии в Петербурге, не имея даже представителей от униатского духовенства. Еще Екатерина поставила вопрос о сокращении базилианских монастырей в виду уменьшения числа адептов этой религии. Указ императора Павла сокращал число базилианских монастырей, но этим указом воспользовались католики и подчинили базилиан своему управлению. В то же время началось реформирование управления униатской церкви. Во главе ее стояли архиепископ Полоцкий, известный нам уже иерарх Лисовский. Как глава униатской церкви, он оказался в весьма тягостном положении, потому что фактически униатская церковь оказалась в полном порабощении у римской церкви. Римско-католическая коллегия усердно действовала в смысле слияния обеих церквей. Она нередко отдавала униатские монастыри католическим монахам, позволяла униатским священникам исправлять священнослужение в католических костелах, последовало очень большое сближение в обрядовой стороне обеих церквей, изданы были униатские молитвенники на польском языке. Униатские и католические священники совместно совращали в католичество и униатов, и православных. Архиепископ был в большом затруднении, потому что он был сторонником строгой обособленности униатской церкви и даже предлагал папе поднять вообще вопрос о соединении церквей, ввиду того неопределенного положения, какое заняла униатская церковь. При Александре I Лисовский добился некоторых уступок в пользу униатской церкви. В 1806 г. он получил сан митрополита, что давало ему возможность посвящать епископов. Он вступил в борьбу с базилианами, бывшими главными проводниками католического влияния в униатской церкви. Он достиг того, что римско-католическая коллегия была разделена на два департамента, из которых один ведал делами униатской церкви и состоял из представителей униатского духовенства. Лисовский всеми мерами старался поднять значение белого униатского духовенства. Он добился того, что базилианам не было дано право исключительного устройства униатских школ. Он возвысил положение униатских семинарий — Лавришевский и Сверженский и сверх того на собранные средства содержал в Полоцкой епархии учителей для приготовления униатского духовенства. Наконец, он добился того, что доказал принадлежность захваченных полоцкими базилианами имений и возвратил их Полоцкой кафедре. На эти средства была образована Полоцкая семинария, преподавание в которой получило новый характер: отсюда выходили священники, проникнутые идеями самостоятельности униатской церкви. Но эта идея по существу уже сближала униатское духовенство с православным. Заложенные Лисовским взгляды продолжали развиваться и после его смерти. Так, в число епископов проходят теперь большей частью не базилиане, но лица, вышедшие из белого духовенства. Он продолжает вести борьбу с базилианами, хотя одним из преемников Лисовского с 1817 г. сделался Иосафат Булгак, вышедший из базилиан и в то время бывший единственным представителем этого ордена в среде епископата. Но он уже не мог поддержать значение этого ордена против начинавшегося похода со стороны белого духовенства. Во главе этого движения стал Брестский капитул. В 20-х годах Брестский капитул подал записку, в которой настаивал на уничтожении вредного влияния Базилианского ордена, на подчинении его местным епископам и на упразднении тех монастырей, которые незаконно захватили церковные фундуши. Таким образом, в лоне самой униатской церкви началась очень усиленная борьба. Когда поднялся в правительственных сферах вопрос согласно указанной записки о закрытии монастырей, то Брестский капитул выступил с предложением закрыть 23 монастыря из 32-х, а Полоцкая консистория предлагала упразднить 11 монастырей из числа 19-ти. Это были такие радикальные меры, на которые не пошло полностью правительство Александра I. Борьба белого духовенства — это была борьба окрепшей униатской церкви с окатоличиванием ее. У боровшихся просыпалось чувство национальной независимости. В числе боровшихся мы как раз видим воспитанников Полоцкой и Жировицкой семинарии, т. е. людей, получивших белорусское национальное образование. Это все белорусы, кроме честолюбивого Иосифа Семашки, украинца по происхождению, не желавшие подчиняться польскому влиянию, незнакомые и с русским влиянием, но исключительно преданные своей народности. Их главной задачей было отгородиться от польского влияния. В числе этих лиц мы видим известного ученого слависта-каноника Бобровского, Лужинского, Анатолия Зубко и некот. др.