С половины 30-х годов министерство принялось и за женские учебные заведения. Ревизовавший Белорусский учебный округ граф Протасов нашел в женских школах «дух враждебный правительству и русской национальности», то же было и в женских школах при монастырях. Министерство оказалось в трудном положении и начало писать циркуляры о том, как преодолеть «народные предубеждения», ибо оно видело народ в одном только польском дворянстве. С конца 30-х годов оно открыло ряд женских пансионов (всего шесть), с производством частным предпринимателям довольно жалкого пособия от казны. В 1837 г. в Белостоке был открыт Институт благородных девиц. В 40-х годах были закрыты женские училища при монастырях. На место закрытых школ министерство, однако, почти не открыло новых, за исключением Виленского женского пансиона и одноклассных школ в Витебске, Минске и двухклассных в Вильне. В конце концов женское образование сосредоточилось в небольшом количестве частных пансионов. Но тут оказалось, что все они содержимы лицами польского происхождения. Таким образом, в конце концов меры Уварова расстроили старую школу, лишили край высшего учебного заведения, дали краю те же дворянские школы только с русским языком, ничего не дали для народного образования, но полонизованного дворянства не примирили с Россией.
Меры конца царствования Николая I были в том же духе. В 1850 г. образован был Виленский учебный округ в составе губерний Виленской, Гродненской, Минской и Ковенской; Витебская же и Могилевская отошли к Петербургскому округу. Но управление Виленским округом было возложено на виленского губернатора Бибикова. Генерал предложил целый ряд мер воспитательных: учреждение при гимназиях «военного класса», предложил принимать в гимназии только детей дворян и купцов первой гильдии и нек. др. Но это были последние мероприятия николаевского режима. В начале царствования Александра II в общем были сохранены уставы, введенные при Николае I. Но были сделаны некоторые послабления польскому влиянию. Впрочем, 19 дворянских училищ было закрыто, взамен чего учреждено 7 новых гимназий. Общими квартирами-пансионами правительство перестало интересоваться и большей частью закрыло их. Женское образование было освобождено от многих стеснений. Восстановлено преподавание польского языка в учебных заведениях.
Однако, восстание 1863 г. показало правительству, что оно стояло до сих пор на этом пути, который не примирил дворянство с Россией.
При обсуждении проекта уставов общеобразовательных заведений в 1860-61 гг. польские круги прямо заявили о том, что это край польский и настаивали на оставлении преподавания на польском языке и на учреждении польского университета. Тогдашний попечитель Виленского учебного округа князь Ширинский-Шихматов должен был официально признаться в том, что все мыслящее общество состоит из противников правительства и русской национальности. Начавшееся восстание напомнило правительству, что кроме полонизованного дворянства есть еще сельское и городское население, состоящее из литовцев и белорусов. Появилась мысль об устройстве сельской школы. Новый виленский генерал-губернатор М. Н. Муравьев в официальных записках подверг резкой критике всю предшествующую деятельность министерства. Критика была верна в том смысле, что министерство, ухаживая за дворянством, совершенно забыло о низших классах населения. Муравьев указывал на то, что созданных до сих пор учебных заведений слишком много, а учащихся в них мало. Он указывал на то, что польское дворянство поддерживало эти школы для того, чтобы обучавшаяся в них местная шляхта могла занимать места в администрации и этим путем бороться с русским влиянием. По убеждению Муравьева, нужно было обращать внимание на народные школы, на образование крестьян и горожан. Прежние школы только создавали особый шляхетский пролетариат, стремившийся к чиновным местам. Свою критику деятельности Министерства народного просвещения Муравьев дополнил представленным им проектом народного просвещения. Он предлагал оставить лишь самое небольшое число гимназий, прогимназий и дворянских училищ, в городах устроить двухклассные школы и особенное внимание обратить на размножение низшей школы.
План Муравьева был утвержден. Ближайшим сотрудником его в деле образования был новый попечитель Виленского учебного округа И. П. Корнилов. Последовало закрытие Виленского дворянского института и 5 гимназий и прогимназий, на место дворянских училищ было учреждено три прогимназии и около 40 уездных училищ. Предположена сеть народных училищ и на них отпущены средства, учреждена Молодечненская учительская семинария.
