Период феодальной раздробленности был вместе с тем временем упадка прежнего жупного административного деления. Города становились местными экономическими центрами, распространявшими своё влияние на значительную территорию. Создались новые территориально-административные области, называвшиеся краями или крайнами, волостями (provincia, regio, territorium, comitatus). Города потеряли своё первоначальное значение военно-стратегических центров — убежища населения при нападении неприятеля. Каждый город (mesto, urbs, civitas, oppidum) состоял из двух частей — собственно крепости, окружённой стенами, и посада (suburbium), где жило ремесленное и торговое население. Население сёл, окружающих город, обязано было поддерживать городские укрепления, копать рвы, строить дороги, возводить стены, устраивать в лесах засеки. Во главе города стояли каштеляны (castellani, burgravius, praefectus), назначение которых зависело от воли князя. Им принадлежала военная власть при защите городов. В случае необходимости они руководили военными действиями. Каштеляны управляли также приписанными к замку сёлами. Судебная власть с конца XII в. находилась в руках так называемых провинциальных судей — цударей (judices provinciales). Ряд должностных лиц заведовал отдельными отраслями княжеского хозяйства. Это были коморники (camerarii), защищавшие интересы князя на городском суде, сборщики княжеских доходов; владари (villices), управители княжеских имений (villicatio), ловчие (magister venatorum, supremus venator), заведовавшие княжеской охотой. Обычно все эти должности замещались местными землевладельцами. В их пользу поступали доходы от приписанных к должностям имений. В случае созыва военного ополчения местные феодалы собирались в город, и самое ополчение называлось по имени города.
Области — края — пользовались самоуправлением, о котором сохранилось мало известий. Местные землевладельцы съезжались на крайские съезды, на которых обсуждали местные дела и нужды и принимали соответствующие решения.
В период феодальной раздробленности авторитет княжеской власти значительно ослабел[6]. Но основная территория чешского государства не подверглась дроблению. Князья по-прежнему оставались верховными судьями. Местные землевладельцы, как правило, назначались на должности по местному управлению, но никто не мог занимать их без соответствующего княжеского распоряжения. В руках князя оставалось общее командование феодальными ополчениями. Князь владел значительным земельным фондом, который постепенно таял вследствие княжеских пожалований. В княжескую казну поступали доходы от государственных имений или панств (villicationes), ежегодная дань, известная под именем мир (tributum pacis), специальные сборы (berna, collecta generale), определяемые по назначению сейма, судебные пошлины (denarii dejuditio), торжные деньги (denarii de foro), взимавшиеся со всех товаров, поступавших на рынок, таможенные пошлины, доходы от разработки рудников и чеканки монеты, выморочные имущества и дани (vectigalia), собираемые по разным поводам.