В центре его анализа – диалектическое единство бытия и мышления, предопределяющее решение других философских проблем. Исследуя проблему единства бытия и мышления на широком историко-философском материале, Герцен констатирует наличие двух принципиальных подходов к ее решению – идеалистического и материалистического. Идеалистическое объяснение природы кажется ему неубедительным, ибо он стремится опереться на естественные науки, которые по своим результатам имманентно материалистичны, так как воспроизводят разные стороны независимой окружающей нас жизни, не оставляя места для мистического зерна. Богоборческий пафос неофита материализма приводит его к полемически заостренному утверждению, что идеализм – не что иное, как схоластика протестантского мира. Стремление представить идеализм только как сферу чистой мысли, как схоластику, как искажение действительного хода вещей, явно прямолинейно и некорректно. Правда, Герцен подчеркивает историческое значение идеализма и особенно Гегеля, который зафиксировал традиционно сложившийся разрыв между бытием и мышлением, онтологией и гносеологией. Но Гегель преодолел этот разрыв идеалистически, логицировав все сущее: он понимал природу и историю как прикладную логику, а не логику как отвлеченную разумность природы и истории. Не приемлет Герцен и выводы метафизического материализма, прежде всего из-за непонимания метафизическим материализмом диалектики развития. Материалисты-метафизики, по его мнению, не касаются внутренней стороны процесса развития, а говорят только о внешнем процессе. Преодолевая эти подходы, Герцен стремится обосновать собственную философскую позицию, которую обозначает как реализм, тем самым дистанцируясь от существовавших в его время идеализма и материализма (прежде всего вульгарного материализма). Для русского мыслителя природа реальна, объективна, материально многообразна. Материя динамична, она есть процесс, взаимодействие, борьба бытия и небытия, вечное становление и развитие. С позиций органической теории Герцен исследует природу как целостный живой организм, имеющий свои закономерности существования и развития. Результатом органического развития природы является человек, причем смысл природы проясняется именно с появлением человека, без которого природа не заключает в себе всего смысла своего. Здесь заметно явное приближение к антропологическому принципу в философии, хотя человек в этом контексте характеризуется только мышлением, сознанием. Поэтому в результате история мышления – продолжение истории природы, а законы мышления – осознанные законы бытия. Интерес русского мыслителя концентрируется на исследовании гносеологического процесса. В этом контексте он основательно анализирует эмпиризм и рационализм, характеризуя их достижения и противоречия (причем эмпиризм отождествляется с материализмом и положительной наукой, а рационализм – с идеализмом, что явно упрощает содержание обоих понятий).
