Его преемник Рудольф II (1552–1612), ставший императором в 1576 году, также не обладал столь необходимой стране энергичностью. Он воспитывался при дворе испанского короля Филиппа II, где ему привили несгибаемость, властолюбие и фанатизм. Своих подданных он не выносил и жил печальным затворником. Пока турки угрожали Западу, а Германию раздирали внутренние войны, этот чудаковатый монарх сидел взаперти у себя во дворце в окружении астрономов, химиков, математиков и любовниц. Он царствовал, но не правил и охотнее взирал на звезды, чем на карту собственной державы. К концу жизни он стал страдать настоящими припадками безумия.
Тем временем иезуиты при содействии герцога Баварского методично продолжали процесс Контрреформации. В своих воспитательных учреждениях они формировали элиту, способную дать ответ критикам народного протестантизма. Их школы можно найти повсюду вдоль Рейна. В Вену они посылают голландца Петра де Хондта, иначе — Петра Канизия, выдающегося богослова, который становится личным другом императора. Во многих областях Германии власть вновь оказывается в руках у католиков. Воспитанный иезуитами австрийский император Фердинанд II еще в бытность свою герцогом Штирии изгнал протестантов из своего герцогства. Когда в имперском городе Донаувёрте со смешанным в религиозном плане населением протестанты разогнали католический крестный ход, Рудольф исключил город из состава империи, а баварская армия изгнала из него лютеранских пасторов.
Князья-протестанты, возмущенные таким обращением со свободным имперским городом, объединились под предводительством маркграфа Баденского и курфюрста Пфальцского в Евангелическую оборонительную унию. На что католики в лице герцога Баварского и трех курфюрстов-епископов ответили созданием Католической лиги, призванной отобрать у протестантов присвоенное ими имущество. Угроза гражданской войны, готовой вот-вот разразиться между этими двумя лигами, живо интересовала французского министра Сюлли, видевшего в ней надежду на ослабление Австрийского императорского дома. Готовилось всеобщее восстание, призванное «посбивать спесь с Габсбургов».
Одним из очагов конфронтации была Чехия. Иезуитам там противостояли старые чешские гуситы и немецкие протестанты. Рудольф, желавший мирно предаваться мечтам вместе с великим придворным астрономом Кеплером и другими учеными, купил верность Чехии, подписав «грамоту величества»
По примеру гусита Яна Жижки, в 1419 году вышвырнувшего из окна пражского замка бургомистра и его тринадцать советников, чешские дворяне-протестанты под предводительством графа Турна уготовили ту же участь имперским наместникам Виллему Славате и Ярославу Мартиницу и их писцу Фабрициусу, которые, правда, не погибли, приземлившись на навозную кучу. Чехи утверждали, что король Фердинанд II нарушил «грамоту величества», — по правде говоря, они боялись реакции католиков, которые чувствовали поддержку со стороны своего государя.
Матиас II (1557–1619), став в 1612 году императором, встал на сторону Контрреформации, но он не пользовался ни малейшим авторитетом. Империя превратилась в пустой звук. В каждом из разрозненных теперь государств Евангелическая уния и Католическая лига поджидали удобного момента, чтобы наброситься друг на друга. Первое военное столкновение произошло в Праге. В мае 1618 года несколько протестантских лидеров пришли с жалобами к управляющим королевским замком (католикам). Во время спора страсти так накалились, что посетители выбросили обоих управляющих и их писца в окно. Несмотря на двадцатипятиметровую высоту, с которой сверзились императорские чиновники, они остались целы и невредимы. Католики сказали, что их спасло чудо; протестанты — что падение смягчила навозная куча.
Можно сказать, что «пражская дефенестрация» (под таким названием этот случай вошел в историю) явилась первым военным действием Тридцатилетней войны. Тем не менее дипломатии еще какое-то время удавалось играть смягчающую роль. Матиас умер, не оставив потомства. В 1619 году императором под именем Фердинанда II становится его двоюродный брат, герцог Штирии Фердинанд (1578–1637). Главным, что он унаследовал от своего предшественника, была война — гражданская и религиозная.
