Со времени Миноса условия жизни в Греции и на островах Эгеиды начали постепенно изменяться. Появляются первые укрепленные города, надежно защищенные от разбойничьих набегов, моря освободились от пиратов, развивается торговля, и, таким образом, создаются необходимые предпосылки для накопления богатства. Более богатые подчиняют себе своих бедных соседей, и вследствие этого возникают первые «великие державы». Одной из таких держав было царство Агамемнона. Богатство и из ряда вон выходящее военное могущество сделали Агамемнона предводителем общегреческого ополчения во время похода на Трою. Выдвигая такое утверждение, Фукидид вступает в прямое противоречие с мифом, сохраненным Гомером и другими древними авторами, согласно которому подчинение других ахейских вождей Агамемнону основывалось на клятве, которую принесли женихи Елены ее отцу Тиндарею: они обещали, что будут оказывать всемерную поддержку и защиту тому из них, на котором она остановит свой выбор. Говоря об огромных богатствах рода Атридов, с помощью которых они установили господство над всем Пелопоннесом, Фукидид указывает, что эти богатства были вывезены их родоначальником Пелопсом из Малой Азии, откуда он был родом.
Современному историку может показаться странной та свобода, с которой Фукидид вводит в свое повествование имена мифологических персонажей, нисколько не заботясь о проверке их реального существования. На страницах «Археологии» упоминаются без каких-либо оговорок как действительно жившие лица — Эллин, сын Девкалиона, Минос, Пелопе и его потомки: Атрей, Агамемнон, Геракл и его враг Еврисфей. Эта особенность исторического метода Фукидида показывает, что он, несмотря на всю глубину и мощь своего ума, еще не переступил ту грань, которая отделяет античную историографию от современной исторической науки, впервые заявившей о себе лишь в первой половине XIX в. По складу ума, по направленности своего научного мышления Фукидид гораздо ближе стоит к европейским просветителям XVIII в., которые еще продолжали верить в историческую подлинность таких легендарных персонажей, как Моисей, Ромул, Ликург, хотя и старались, будучи законченными рационалистами, освободить их образы от всего сверхъестественного и фантастического. Вероятно, по этому же принципу действовал и Фукидид. Из каждого мифа он брал лишь тот минимум фактов, который, как ему казалось, не противоречит естественному ходу вещей и может поэтому расцениваться как историческое зерно предания. В заслугу Фукидиду следует поставить то, что он нигде не пускается в плоские разглагольствования о вероятности или невероятности отдельных приключений и подвигов мифологических героев, как это делают обычно логографы: Гекатей, Акусилай, Ферекид и нередко также Геродот. Авантюрная сторона мифа его, по-видимому, мало интересовала и вся в целом отбрасывалась в сторону как нечто, не заслуживающее серьезного внимания.
В «Археологии» Фукидид ставит и решает широкие исторические проблемы, едва ли доступные другим историкам той эпохи. Так, решается в первых главах «Археологии» весьма важная также и для сегодняшней науки об античности проблема происхождения, если можно так выразиться, чувства общегреческого национального единства и противопоставления греков окружающему их варварскому миру. Фукидид весьма основательно и в полном соответствии с данными современной науки доказывает, что самоопределение греческой народности и ее обособление от других народов произошло в достаточно позднее время. Весьма близки к результатам, достигнутым современной наукой, также и представления Фукидида о морском могуществе критских царей и о богатстве и силе Микенской державы на Пелопоннесе, хотя в своих оценках этих древнейших государств он исходит, конечно, прежде всего изданных мифологии. Любопытно, что в тех случаях, когда Фукидид оказывается перед необходимостью выбора между данными мифической традиции и археологического характера, он все же отдает предпочтение первым перед последними. Примером может служить замечательное по глубине мысли рассуждение о несоответствии развалин микенской цитадели былому могуществу и блеску Микенского царства. Фукидид предупреждает читателя, что из этого сопоставления было бы рискованно делать какие-то далеко идущие выводы, отказывая в доверии древней традиции, и в подтверждение своей мысли ссылается на современную ему Спарту, внешний вид которой никак не соответствует ее действительному могуществу.
