Кабинет М. Хатты зиждился на блоке буржуазных партий НПИ и Машуми с привлечением беспартийных технократов и представителей аристократии окраин: султана Понтиака Абдул Хамида II и балийского феодала Анак Агунга. До последних были проголландскими федералистами. Важнейшей задачей правительства было достижение внутренней стабильности. К 1950 г. в СШИ оставалась единственная организованная антиунитаристская сила — КНИЛ (колониальная армия, созданная голландцами). Ее офицеры спекулировали на опасениях рядового состава подвергнуться демобилизации и лишиться высокого жалованья, пенсий и привилегий. Блокируя с антиунитаристски настроенными правящими кругами штатов БФО, при попустительстве или прямой поддержке голландского командования они часто выступали с требованиями сохранить федеративную структуру государства и местные контингенты КНИЛ в штатах, не вводя туда части АПРИС. Тайную поддержку им оказывала голландская военная миссия в СШИ.
В январе 1950 г. с подобными требованиями выступил голландский авантюрист капитан Вестерлинг. Сколотив из солдат КНИЛ террористическое формирование, он объявил его «войском штата Пасундан». Вскоре оно ненадолго захватило Бандунг и покушалось на Джакарту (26 января 1950 г.). Вступив сговор с Хамидом II, Вестерлинг пытался осуществить государственный переворот и поставить у власти проголландский марионеточный режим. Частям АПРИС удалось сорвать его авантюру. Воинство Вестерлинга было рассеяно, а сам он сбежал в Сингапур на голландском военном самолете. Эти события скомпрометировали голландское командование и правительство штата Пасундан. По требованию местного парламента управление штатом с февраля 1950 г. было передано комиссару СШИ.
Месяцем позже под давлением народа в СШИ было принято чрезвычайное законодательство, допускавшее слияние штатов с РИ. Этот процесс, развиваясь снизу, проходил настолько стремительно, что к концу апреля 1950 г. в составе СШИ осталось лишь три штата: Республика Индонезия, сильно разросшаяся вследствие дефедерализации снизу; Восточная Суматра и крупнейший по площади штат Восточная Индонезия, наиболее отсталый в социальном и самый пестрый в этническом и религиозном отношениях. На части его территории в области Южный Сулавеси, капитан КНИЛ Анди Азис, действуя в сговоре с проголландски настроенным министром штатов Сумокилом, ультимативно потребовал у правительства СШИ гарантировать сохранение штата и не вводить туда федеральные войска. Опираясь на часть подразделений КНИЛ, он начал восстание (5 апреля 1950 г.). Президент Сукарно заклеймил А. Азиса как мятежника и потребовал невмешательства армии в решение вопросов государственного строя. Большинство населения не поддержало Азиса, освободило заключенных — унитаристов, отстранило от власти поборников федерации. Капитану пришлось явиться с повинной в Джакарту и предстать перед судом. Южный Сулавеси двенадцатой из 13 областей штата Восточная Индонезия присоединился к РИ.
Но Сумокил, бежавший на голландском самолете на родной о. Амбон, 25 апреля 1950 г. провозгласил с группой единомышленников эту тринадцатую область того же штата независимой Республикой Южномолуккских островов (РМС). При поддержке части христиан–амбонцев, издавна связанных с КНИЛ, Сумокил создал военно–полицейское государство, поддержанное голландцами и отказывающееся вступать в переговоры с СШИ. Летом в области началась высадка федеральных войск, встретивших серьезное сопротивление. Амбон пал после ожесточенных боев лишь в ноябре. Хотя отряды мятежников еще долго пытались сопротивляться, базируясь в джунглях о. Серам, Южные Молукки вскоре также вошли в состав СШИ. После этого в стране продолжалось только вооруженное восстание Даруль ислама на Западной Яве под руководством Картосувирьо.
Антиунитаристские мятежи, вскрывшие непрекращающееся вмешательство Нидерландов в дела СШИ, способствовали дискредитации федералистов и привели к результатам, обратным желаемым ими. Унитаризм стал синонимом патриотизма. Последнему штату, Восточной Суматре, осталось лишь добровольно присоединиться к Республике. Уже 19 мая 1950 г. правительства СШИ и РИ договорились о воссоздании унитарной республики Индонезии и приступили к разработке ее временной конституции.
Основной закон, принятый 16 августа 1950 г., утверждал принципы парламентской демократии. Президент становился номинальным, «церемониальным» главой государства (правда, оставался верховным главнокомандующим; отбирал политического деятеля, формирующего состав кабинета; мог распустить парламент, назначив новые выборы). Но правительство теперь было подотчетно парламенту, а не ему. Более того, все президентские декреты становились действительными лишь после визирования соответствующим министром. Так центрами политической власти становились парламент и зависящий от него премьер–министр. Временная конституция немало заимствовала у конституции 1945 г. Новое важное положение гласило: «Право собственности является социальной функцией (то есть ограничивается общественными интересами).