После победы кастильских войск наиболее строптивые обитатели Гранады выехали в Берберию, а остальные продолжали мирно заниматься своим делом, подавая высокий пример трудолюбия. За это современники, и в частности гранадский каноник Педраса, восхваляли морисков. Но и мориски, чье поведение по отношению к завоевателям было безукоризненным, подвергались насилиям и притеснениям со стороны лиц, не считавшихся с их правами и грубо нарушившими условия капитуляции, и в конце концов были приведены к полной покорности силой. Поэтому нам не должно казаться странным, что один писатель времен «католических королей» — Педро Мартир де Англериа — сказал в 1512 г., что если какой-нибудь храбрец-пират проникнет на территорию Гранады, то все мавританское население присоединится к нему, и тогда, возможно, Гранадское королевство, будет утрачено. Следует принять во внимание, что мориски там составляли большинство населения. Доказательством тому является записка секретаря Фердинанда и Изабеллы Фернандо де Сафры, в которой указывается, что одни лишь мавры Альпухарры и гранадской долины вносили в казну податей (а подать эта равна была 25 % их доходов) на сумму в 6 382 500 мараведи.
Судьба мусульман в других областях полуострова была столь же тяжелой. Начиная с 1501 г., т. е. еще при жизни Изабеллы, которая весьма ревностно преследовала мудехаров, рядом указов на них наложили те же ограничения, что и на морисков Гранады, запретив им общаться между собой, а «мудехарам королевств Кастилии, Арагона, Каталонии и Валенсии» — приезжать на территорию Гранады. Наконец, 11 февраля 1502 г. предписано было изгнать всех мудехаров; мера эта не была, однако, приведена в исполнение. В свою очередь, мудехары Кастилии под давлением силы вынуждены были перейти в христианство; в лучшем положении оказались мудехары Арагона, которым Фердинанд пожаловал ряд привилегий по просьбе сеньоров. Заступничество последних объясняется тем, что в случае изгнания мудехаров феодалы теряли трудолюбивых и платежеспособных вассалов. Но еще в 1495 г. кортесы Тортосы вырвали у короля обещание, что он не будет изгонять мудехаров Каталонии. После указа 1502 г. кортесы в Барселоне (1503 г.) и в Монсоне (1510 г.) добились подобных же заверений от короля, который обещал, что мудехаров не будут крестить насильно, причем им гарантировалось свободное общение с христианами. В связи с этим Фердинанд (по просьбе герцога и герцогини Кардона, графа Рибагорсы и других знатных лиц) предписал арагонской инквизиции воздержаться от насильственного обращения мавров в христианство (грамота от 5 октября 1508 г.), обращенных же мудехаров король запретил отделять от их семей. Однако он разрешил проповеди в мавританских кварталах, которые читались с целью обращения мудехаров в христиан.
Исключение составляли мавры Теруэля и Альбаррасина, которых крестили массовым порядком. В 1502 г. Фердинанд запретил постройку новых мечетей и приказал разрушить те из них, которые были построены в обход этого постановления, что и случилось в Валенсии в 1514 г.
Мудехары Наварры, ввиду того, что это королевство входило в состав Кастилии, а не Арагона, подпали под действие указа 1502 г. Большинство из них, по-видимому, предпочло эмигрировать во Францию. В Валенсии состоялось много обращений, причем некоторые племена были крещены целиком (например, манисы до 1519 г.), но все же в валенсийской области оставалось еще много мудехаров.
В баскских провинциях с ними обошлись весьма сурово. Общественное мнение было особенно враждебным по отношению к мудехарам и евреям. В 1482 г. провинция Гипускоа добилась указа, запрещавшего проживать в ней всем обращенным маврам. А в 1511 г. в Бискайе был издан указ об изгнании мусульман и их потомков.
