Падилья, Браво и Мальдонадо были заключены в ближайший замок Вильяльба, откуда их на следующий день перевели в Вильялар. При обсуждении вопроса о том, когда следует их судить — немедленно или по возвращении короля, — большинство судей высказалось за немедленный суд. Алькальды короля приговорили всех троих к отсечению головы и к конфискации всего имущества. Приговор был приведен в исполнение немедленно в том же Вильяларе. Авторы хроник рассказывают, что когда осужденных вели на эшафот, то глашатай объявлял: «Таково наказание, совершаемое над этими кабальеро по приказу короля и от его имени коннетаблем и правителями. Им отрубят головы как изменникам и возмутителям народа и как похитителям власти» и т. д. Браво с негодованием ответил: «Лжешь ты и лжет тот, кто тебя послал: мы не предатели, а ревнители народного блага и защитники свобод королевства». Алькальд ударил его палкой, а Падилья заметил: «Сеньор Хуан Браво, вчера нужно было драться по-рыцарски, а сегодня надо умирать по-христиански». Трупы всех трех вождей были похоронены в Вильяларе. Тело Браво было через несколько месяцев перенесено в церковь Санта Крус де Сеговия. Тела остальных, по-видимому, также были перенесены в другие пункты (Саламанку и монастырь де ла Мехорада около Ольмедо). Другой вождь комунерос — Мальдонадо Пиментель, племянник графа Бенавенте, — был обезглавлен в Симанке 12 мая следующего года.
Когда в Толедо пришло известие о поражении под Вильяларом, вдова Падильи, донья Мария Пачеко, сумела возбудить боевой дух повстанцев, которые продержались против королевских войск вплоть до 25 октября 1521 г. Впоследствии донья Мария добилась, чтобы ее сыну были возвращены титулы и имущество его отца (на которое был наложен запрет) и чтобы восстановление чести ее мужа было оформлено юридически, что было подтверждено королевским указом, подписанным членами королевского совета, а затем и самим королем.
Казнью вождей движение не окончилось. В феврале 1522 г. в Толедо произошли новые вспышки восстания, вызванные сторонниками доньи. Марии, которой в конце концов пришлось бежать в Португалию. Она была заочно приговорена к смерти, а дом ее разрушен до основания. Другие, замешанные в движении, были наказаны столь же сурово. Судя по различным приказам и инструкциям, можно было ожидать, что легкая победа под Вильяларом должна была склонить к милосердию короля, который, кстати сказать, должен был вернуться. Но на деле все было иначе. 16 июля 1522 г. Карл вернулся в Испанию. Вскоре им была дарована всеобщая амнистия (28 октября); но она не распространялась на 293 человека, замешанных в восстании, от которого к тому времени не осталось и следа. Действительно, вслед за Вильяларом сдался Вальядолид, жителям которого была обещана амнистия, за исключением 12 человек, по большей части высланных в дальнейшем. За Вальядолидом последовали Медина, Леон, Самора, Сеговия, Саламанка, Паленсия и Авила. Некоторое время сопротивлялись лишь Толедо (о замирении которого мы уже говорили), Мадрид и часть района Мурсии. Епископ Акунья, находившийся в Толедо, бежал, однако вскоре был захвачен в Наваррете (провинция Логроньо). Те самые кастильские города, которые прежде восставали, теперь послали свои войска в распоряжение королевских правителей для борьбы с французами, захватившими почти всю Наварру. Этим они доказали свою полную лояльность. Вскоре покорились города Мадрид и Мурсия.
В этой обстановке нужна была снисходительность. За мягкие меры по отношению ко всем восставшим стояли наместники, которые всячески ходатайствовали об этом перед королем. Им противодействовали члены королевского совета и придворные-фламандцы. Не трудно догадаться, к чему склонялся сам Карл, если учесть, что он высадился с армией, насчитывавшей 4000 немецких солдат, и с большой свитой фламандских фаворитов и слуг. Намерения Карла не оставляли сомнений. Совет начал вести процесс за процессом. Вскоре было обезглавлено 24 видных деятеля движения комунерос, главным образом депутатов от Городов. Эта жестокая расправа, уже после того как исчезла всякая опасность, была плохо встречена в Испании. Адмирал в своих письмах неоднократно указывал королю на неполитичность подобных действий и среди прочих приводимых им доводов указывал, что амнистия была обещана от имени короля. Одновременно он советовал королю принять разумные меры к предотвращению подобных восстаний в дальнейшем. Карл не посчитался с адмиралом, как не посчитался и с Сиснеросом в 1517 г. Процессы, конфискация имущества и всякие другие преследования продолжались вплоть до амнистии 28 октября, которая, впрочем, не распространялась на военнослужащих королевской армии, примкнувших к комунерос, а также на ряд других лиц, упомянутых выше.
