Австрийская оккупация итальянских земель продолжалась 13 месяцев. Летом 1800 г. армия под командованием Бонапарта (теперь уже первого консула и фактического диктатора Франции) снова вторглась в Северную Италию, разгромила в нескольких сражениях австрийцев, лишившихся поддержки русских войск (последние были ранее отозваны из Италии Павлом I, порвавшим с антифранцузской коалицией), и овладела Пьемонтом, Лигурией и Ломбардией. Осенью была захвачена Тоскана, а затем и часть Венецианской области; французская армия установила также свой контроль над адриатическим побережьем Неаполитанского королевства. В последующие несколько лет Бонапарт не раз менял территориальное и политическое устройство Италии. Пьемонт, Парма, о. Эльба вскоре отошли к Франции. Тоскана превращалась в призрачное королевство Этрурию, всецело зависевшее от французов, а восстановленные Лигурийская и Цизальпинская республики обладали еще более иллюзорной самостоятельностью, чем в конце 90-х годов. В 1802 г. Цизальпинская республика была переименована в Итальянскую, а ее президентом стал сам Бонапарт.
Окончательная ликвидация республиканского строя во Франции и провозглашение Наполеона императором в 1804 г., а также война с 3-й антифранцузской коалицией повлекли за собой новые перемены на Апеннинском полуострове. В 1805 г. место упраздненной Итальянской республики заняло Итальянское королевство во главе с Наполеоном, принявшим титул короля Италии. Территория упраздненной в 1805 г. Лигурийской республики была присоединена к Франции, а республика Лукка превращалась в княжество и передавалась сестре Наполеона Элизе. Обострение борьбы с Англией побудило Наполеона захватить в начале 1806 г. Неаполитанское королевство. Неаполитанский престол по приказу Наполеона занял его брат Жозеф, а в 1808 г. — зять императора Иоахим Мюрат. В 1807–1809 гг. последовали новые слияния итальянских земель с Францией: Тоскана (бывшее королевство Этрурия) и часть папских владений, включая Рим, превращались в департаменты Французской империи. Светская власть пап была снова ликвидирована, а Пий VII выслан из Италии (после того, как он отлучил Наполеона от церкви в ответ на присоединение Рима к империи). Вне контроля французов оставались только острова Сардиния и Сицилия, где под защитой английского флота обосновались королевские фамилии и дворы, покинувшие Пьемонт и Неаполь. Вся же континентальная часть Италии оказалась в руках французов.
Почти пятнадцатилетний период наполеоновского господства был отмечен сложными и противоречивыми явлениями. Французская политика в Италии в этот период строилась в основном на той же базе и преследовала те же цели, что и в период 1796–1799 гг.; главная задача Наполеона заключалась в том, чтобы держать Италию в состоянии экономической, финансовой, политической и военной зависимости от Франции. Вместе с тем на итальянских территориях продолжали проводиться с еще большим размахом и последовательностью, чем в 90-е годы, такие преобразования в социальной и административно-политической сфере, которые призваны были создать в Италии более современное общество, предоставить экономические выгоды имущим и развязать их инициативу, а также расширить слой собственников.
Вместе с тем император с непреклонной решимостью стремился не допустить, чтобы Италия стала единой и обрела свободу и независимость; наглядным свидетельством тому явилось присоединение к Франции половины территории Северной и Центральной Италии. В то же время, желая поддержать миф о себе как покровителе национальных устремлений итальянцев и сыграть на их патриотических чувствах, Наполеон переименовал Цизальпинскую республику в Итальянскую, сохранил затем это название за вновь образованным королевством и даже раздвинул его границы путем присоединения отнятой у Австрии Венецианской области, части папских владений, Трентино и Альто-Адидже, так что к 1809 г. в этом королевстве проживало более 6,5 млн. человек[122], т. е. более 40 % населения полуострова.
В отличие от реформаторской деятельности итальянских монархов в конце XVIII в., преследовавших цель сохранения и упрочения феодально-абсолютистского строя, преобразования французов носили антифеодальный характер, содействовали укреплению позиций буржуазии и расчищали почву для буржуазного развития страны. Социальные преобразования периода революционного трехлетия были продолжены и расширены. Хотя существовало различие в темпах и объеме преобразований в Итальянском королевстве, в землях, присоединенных непосредственно к Франции, и в королевстве Неаполитанском, комплекс основных нововведений распространился на всю территорию Италии, находившуюся под контролем французов. При этом наиболее решительная ломка остатков средневековья и феодализма произошла в политико-юридической сфере (отмена сословных привилегий духовенства и дворянства, в частности их судебных, личных и запретительных прав, введение гражданского равенства, обновление и перестройка судебной и административной системы, армии и др.).