Немецкий врач и химик Ф. Велер (1800-1882), синтезировав в 1828 г. в лаборатории искусственную мочевину, которая производится только живыми организмами, тем самым дал убедительный материал, свидетельствующий о том, что для образования органических веществ не требуется «жизненная сила». Химик Ю. Либих (1803-1873) вместе с Ф. Веллером продолжил исследования мочевой кислоты, масла горьких миндалей и заложил основы теории сложных радикалов органических веществ. Он усовершенствовал аппарат для сжигания органических соединений (печь Либиха) и с его помощью пытался воспроизвести энергетические процессы в животном организме, уподобляя процессы пищеварения сжиганию продуктов в печи. В 1839 г. им была разработана химическая теория брожения, сыгравшая определенную роль в изучении процессов обмена веществ. Исходные позиции теории Ю. Либиха смыкались со взглядами представителей теории флогистона. Объяснение содержания процесса брожения как химического не выдержало испытания временем, уступив место в конце 50-х годов обоснованию, данному Л. Пастером (см. ниже): спиртовое брожение представляет собой биологический процесс.
На почве неустойчивых мировоззренческих позиций крупных исследователей XIX в., которые в большей или меньшей мере отдавали дань витализму и агностицизму, в середине XIX в. получил развитие вульгарный материализм, видными представителями которого были К. Фохт, Л. Бюхнер, Я. Молешотт. Жизненные явления вульгарные материалисты – «дешевые разносчики материализма», по выражению Ф. Энгельса, рассматривали упрощенно, только на основе физики и химии. В середине XIX в., когда естествознание и медицина добились огромных достижений в понимании жизненных явлений, физико-химическое направление вульгарноматериалистического плана являлось шагом назад.
В условиях утверждения экспериментального метода получило развитие учение о процессе болезни. Систематические вскрытия трупов умерших больных, начатые Т. Боне и И. Вепфером в XVII в., были продолжены„ в XVIII в. рядом крупных исследователей и во второй половине столетия завершились оформлением нового направления в медицине – патологической анатомии, основателем которой был Дж. Морганьи.
Существенное значение в развитии патологической анатомии имела деятельность К. Биша (см. выше), разработавшего учение о патологическом процессе в тканях. Это учение К. Биша противостояло различным спекулятивным взглядам на болезни и было поставлено на почву реальной действительности.
Особенно важный вклад в развитие описательной патологической анатомии внес профессор Венского университета, чех по происхождению, К. Рокитанский (1804-1878). Его основной труд «Руководство по патологической анатомии» (1841-1846) был построен на богатом фактическом материале, собранном автором в результате неутомимых усилий, благодаря высокому техническому совершенству вскрытий. Оценивая труд К. Рокитанского, Р. Вирхов назвал его Линнеем патологической анатомии. Крупным шагом вперед в работах К Рокитанского явилось сочетание макро- и микроскопических исследований патологических изменений. В теоретическом плане его взгляды базировались на гуморальных представлениях, своими истоками уходящих во времена Гиппократа. Он воскресил гиппократовскую терминологию о кразах и дискразиях. К. Рокитанский считал, что основные изменения при патологическом процессе происходят в составе жидкостей или соков организма путем изменения химического состава соков, неправильного их смешения (так называемые дискразии). Отмеченные при вскрытии местные изменения в тканях и органах он трактовал как вторичные явления, происходящие вследствие осаждения форменных элементов из жидкостей организма. К. Рокитанский рассматривал каждую болезнь как общее явление, как реакцию целостного организма, а местные изменения – как следствие проявления общего заболевания. На основе этого подхода он высказал важную мысль, что «одно лишь умножение очагов поражения не создает общей болезни. Нельзя уничтожить болезнь, ликвидировав лишь очаг поражения и не уничтожив нарушений обмена веществ, которые лежат в основе местных изменений». Он полагал, что дальнейшие исследования другими методами позволят расширить наши знания о болезненном процессе. В частности, он писал, что там «где анатомия доселе не могла открыть никаких органических изменений… должно ожидать объяснений от будущих исследователей в области болезней крови и нервной системы», что во многом предвосхитило последующие исследования.