Применение наркоза в хирургической практике позволило избавить больных от боли, а хирургам обеспечить спокойные условия для проведения операций на протяжении необходимого времени.
Задачу борьбы с послеоперационным нагноением ран стало возможным решить после опубликования работ Л. Пастера о роли микробов в процессах брожения и гниения белковых веществ. Английский хирург Дж. Листер, ознакомившись с этими работами и проведя наблюдения в клинике, в 1865 г. сделал первое сообщение об использовании карболовой кислоты для борьбы с инфицированием ран. Этим опытам предшествовал ряд начинаний, не получивших дальнейшего распространения. Еще до открытия роли микробов к проблеме обеззараживания ран эмпирически подошли русские хирурги И. В. Буяльский и Н. И. Пирогов, применившие для этой цели раствор хлорной извести, спиртовой раствор йода и др. В 1843 г. бостонский врач В. Хоумс предложил врачам, исследовавшим роженицу или делавшим вскрытие, мыть руки хлорной водой и менять одежду. В 1847 г. венгерский врач И. Земмельвейс выдвинул требование к акушерам мыть руки хлорной водой, доказав, что при этом значительно снижается число послеродовых осложнений, Однако все эти начинания носили эпизодический характер и не стали достоянием широкого круга врачей, а предложение И. Земмельвейса вызвало гонение на него, в результате которого он окончил жизнь в психиатрической больнице.
Только теоретическое обоснование метода сделало его всемирно известным и получило повсеместное распространение. Большой вклад в разработку антисептического метода внесли русские хирурги П. П. Пслехин, И. И. Бурцев, К. К. Рейер, Н. А. Вельяминов и др. Ими предложен ряд новых антисептических средств. Однако метод антисептики, несмотря на его очевидные и положительные результаты, не обеспечивал полного решения задачи обеззараживания ран. Уже Дж. Листером была обоснована необходимость обеззараживать не только раны, но и все, что с ними соприкасается, в том числе инструменты, перевязочный материал, руки хирурга и т. д. После выяснения факта гибели микроорганизмов при высокой температуре, что в свое время было изучено Л. Пастером, разработан метод асептики. Он явился результатом усилии хирургов ряда стран: Я. Микулича из Польши (1880), Э. Бергмана, П. И. Дьяконова, М. С. Субботина, А. А. Троянова и др. из России (80-90-е годы) и др. Введение антисептики и асептики явилось новым крупным завоеванием в хирургии. С этого времени послеоперационная летальность хирургических больных резко сократилась.
Задача остановки крови при операции также была в основном решена во второй половине XIX в. В 1873 г. немецкий хирург Ф. Эсмарх предложил обескровливание конечностей, подлежащих оперативному вмешательству, путем наложения специального жгута. Позднее были рекомендованы другие модели кровоостанавливающих жгутов. В 80-х – начале 90-х годов XIX в. рядом крупных хирургов (Т. Кохером в Швейцарии, Я. Микуличем в Польше, Ж. Пеаном во Франции и др.) были разработаны и введены в хирургическую практику кровоостанавливающие пинцеты – зажимы. Тем самым был обеспечен сухой метод оперирования с малой потерей крови. Хирурги получили возможность оперировать при полном и беспрепятственном обозрении операционной раны.«Режь только то, что хорошо видишь», – требовал русский хирург Н. В. Склифосовский.
Кроме решения этих трех проблем, перед хирургами стояла задача анатомического обоснования оперативных вмешательств. Это было тем более важно, что некоторые хирурги еще в первой половине XIX в. пренебрегали знанием анатомии. Н. И. Пирогов, возвратившись из зарубежной научной командировки в середине 30-х годов, писал, что хирургия в Берлине «не имела общего с анатомией. Ни Руст, ни Грефе, ни Диффенбах не знали анатомии». Еще большим недостатком являлось то, что не была разработана хирургическая анатомия человека, названная топографической анатомией. Этот пробел восполнили русские хирурги и анатомы: Н. И. Пирогов, А. А. Бобров и др.
На основе этих достижений с середины XIX в. хирургия, особенно брюшнополостная, начала быстро развиваться. Сформировался ряд научных хирургических школ.
На грани двух эпох – доантисептической, с одной стороны, антисептической и асептической – с другой, наиболее крупной была немецкая школа под руководством Б. Лангенбека (1810-1887), из которой вышли видные хирурги, возглавившие в свою очередь крупные школы: Т. Бильрот, Ф. Эсмарх, их ученики Я. Микулич, Э. Бергман и др. Б. Лангенбек разработал ряд операций, из которых 21 носит его имя (резекции суставов, пластические операции на лице и полости рта, резекция рта и т. д.).