Важнейшей задачей Патриарха и Священного Синода стало сохранение единства Церкви перед лицом расколов и нестроений. Еще в конце 1980-х годов серьезно осложнилась ситуация на Западной Украине, где началось возрождение униатской Церкви, запрещенной Сталиным в 1946 году. Осенью 1989 года оформился первый раскол внутри Православной Церкви на Украине, где была сформирована УАПЦ («Украинская автокефальная православная церковь») во главе с «митрополитом», а затем и «патриархом» Мстиславом (Скрыпником): эту группу нередко называют «автокефалистами». В 1992 году Православную Церковь на Украине потряс еще один раскол, возникший в результате действий митрополита Киевского и Галицкого Филарета (Денисенко). До этого времени он возглавлял Киевскую митрополию Московского Патриархата, однако на Архиерейском Соборе, состоявшемся в Москве в апреле 1992 года, под давлением украинских архиереев он дал клятву уйти в отставку. Вернувшись на Украину, Филарет изменил клятве и приступил к созданию раскольничьей структуры, которую он назвал УПЦ-КП («Украинская православная церковь — Киевский патриархат»). В «Киевском патриархате» Филарет сначала занимал должность «заместителя патриарха», а в 1995 году, после загадочной смерти «патриарха» Владимира (Романюка), Филарет присвоил себе титул «патриарха Киевского и всея Руси-Украины». Московским Патриархатом Филарет был сначала запрещен в служении, затем лишен сана и, наконец, анафематствован (отлучен от Церкви).
В течение 2000-х годов в Москве состоялось несколько Архиерейских Соборов, на которых основное внимание уделялось различным аспектам возрождения церковной жизни на постсоветском пространстве и преодолению расколов и нестроений.
Значительной вехой на историческом пути Русской Православной Церкви стал Юбилейный Архиерейский Собор 2000 года, по масштабу своих деяний сопоставимый с Поместным Собором 1917–1918 годов. Главным деянием Собора было причисление к лику святых всех новомучеников и исповедников Российских, то есть всех, кто в XX столетии стал жертвами репрессий со стороны советской власти и отдал жизнь за веру. Еще одним важным деянием Юбилейного Архиерейского Собора 2000 года стало принятие «Основных принципов отношения Русской Православной Церкви к инославию». На Юбилейном Архиерейском Соборе был также принят развернутый документ под названием «Основы социальной концепции Русской Православной Церкви». Уникальность этого документа обусловлена тем, что он затрагивает почти все проблемы, с которыми сталкивается Православная Церковь на современном этапе.
Несмотря на то, что многие проблемы, стоявшие перед Церковью в России в конце XX — начале XXI века, были успешно решены, целый ряд проблем еще остается нерешенным. Православная Церковь ныне обладает правом беспрепятственно осуществлять благотворительную деятельность. Однако масштабы церковной благотворительности несопоставимы с масштабами социальных бедствий, требующих участия Церкви. Другой комплекс проблем связан с просветительской деятельностью, которой Православная Церковь в России занимается, однако опять же не в том масштабе, в каком могла бы. Миссионерская и катехизаторская деятельность приходов по-прежнему, как в советский период, замыкается почти исключительно в стенах храмов или церковно-приходских школ, в то время как существует множество других возможностей для убедительного свидетельства о православной вере и православной культуре. Деятельность сект и так называемых «новых религиозных движений» бросает вызов Православной Церкви и другим традиционным религиям, отторгая от них потенциальную паству. По некоторым данным, в России действует до 5000 сект, самая крупная из которых — свидетели Иеговы, насчитывающая 150 тысяч последователей. Достаточно многочисленны группы сайентологов, неопятидесятников, мунитов. Многие секты относятся к числу деструктивных, оказывая разрушительное влияние на психику своих адептов. Растет число сатанистских сект, толкающих людей на чудовищные преступления. В Русской Православной Церкви создаются центры по реабилитации жертв деструктивных сект и по борьбе с сектантством.
XX век стал эпохой великих политических потрясений и великого переселения народов, изменившего этнический и религиозный состав всех пяти континентов. Революционные события, произошедшие в 1910-х годах в ряде государств Европы, а также Первая мировая война и распад империй — Российской, Германской, Османской и Австро-Венгерской — привели к крупным геополитическим сдвигам, в результате которых структура мирового Православия претерпела существенные изменения.
