Учение о чистилище повлекло за собой идею сокровищницы сверхдолжных заслуг и индульгенций. Как живущие на земле, так и пребывающие в чистилище могут по решению церковной власти воспользоваться заслугами тех, кто с преизбытком удовлетворил правосудию Божию. Заслуги Христовы, а также заслуги Богоматери и святых образуют особую сокровищницу сверхдолжных заслуг, из которой папа — владыка над тремя царствами: небесным, земным и чистилищем — может раздавать так называемые индульгенции или освобождения от чистилищных страданий. Это представление было исторически связано с крестовыми походами, участники которых освобождались от наказаний за свои грехи, но впоследствии оно распространилось по всему католическому Западу и стало предметом самых кощунственных злоупотреблений. Участие Церкви и праведников в посмертном спасении грешников вполне признается православным веросознанием, но это участие совершается через таинства Церкви, что ярко выражено в тексте литургии, и взаимные молитвы Церкви земной и небесной. Но это участие никогда не имело значения удовлетворения правосудию Божию, а изменение посмертной участи человека никогда не становилось правом церковной власти, которым она могла торговать. При всей видимой логической стройности схоластического учения о спасении оно оказало разрушительное воздействие на церковное сознание и жизнь средневекового католичества и послужило прямым поводом к возникновению Реформации с ее учением о спасении только верой.
Учение Римско-Католической Церкви об исхождении Святаго Духа не только от Отца, но и Сына остается одним из основных догматических расхождений, которое до сих пор препятствует любому возможному единению Православия и католичества. Самым неприемлемым для Востока всегда являлось произвольное изменение Западом вселенского Символа веры, в который был вставлен термин Filioque, описывающий исхождение Святаго Духа от Отца и Сына и часто используемый для обозначения этого догматического представления.
Это богословское представление возникло еще в I тысячелетии и исходит из своеобразного толкования ряда евангельских отрывков, в которых можно усмотреть указания на исхождение Святаго Духа от Отца и Сына. Например, в Евангелии от Иоанна Спаситель говорит:
Следует учитывать, что библейское свидетельство о Третьем Лице Святой Троицы не отличается такой же полнотой и определенностью, как ветхозаветное учение о Боге-Отце и новозаветное учение о Боге-Сыне. Почти все, известное нам о Святом Духе, содержится в прощальной беседе Господа с учениками на Тайной Вечери в изложении Евангелия от Иоанна. Парадоксальным образом мы больше знаем о благодатном участии Святаго Духа в жизни мира, чем о его Троическом бытии. Принципиальная ограниченность земных представлений в описании Троических отношений, о которой писал святой Григорий Богослов: «Объясни <…> мне нерожденность Отца, тогда и я отважусь естествословить о рождении Сына и об исхождении Духа», более всего коснулась бытия Святаго Духа.
Значительное развитие учение о Третьей Ипостаси Святой Троицы получило на II Вселенском Соборе, отцы которого вместо краткой никейской формулы «веруем и во Святаго Духа» дали развернутое определение «и в Духа Святаго, Господа Животворящего, Иже от Отца исходящего». Оно не дает оснований для разномыслий, впоследствии утвердившихся в западном богословии в учении об исхождении Святаго Духа «и от Сына».
Блаженный Августин учил о Святом Духе как «о самом общении Отца и Сына и, <…> той самой божественности, под которой разумеется… взаимная любовь между собою Того и Другого». Он же впервые авторитетно заявил об исхождении Святаго Духа «и от Сына» в толковании эпизода из Евангелия от Иоанна (Ин. 20:22). В дальнейшем мнения об участии Сына в изведении Святаго Духа можно встретить у папы святого Льва Великого, Проспера Аквитанского, Павлина Ноланского, папы Гормизда и Исидора Севильского.
