Между иосифлянами и нестяжателями развернулась борьба, которая продолжалась до середины XVI в., причем великокняжеская власть сначала симпатизировала нестяжателям. Однако Церковный собор 1503 г. решительно отверг проекты секуляризации монастырского землевладения. Впрочем, это не означало падения нестяжателей, и Василий в первый период своего правления поддержал их. В это время большую роль в нестяжательской «партии» стал играть Вассиан Патрикеев, который, в отличие от своего учителя Нила, был прекрасным политиком. Старцы заволжских монастырей (именно там географически сосредоточилось нестяжательство) стали пополнять «кадровые верхи» Церкви. В 1511 году митрополитом стал близкий к нестяжателям симоновский архимандрит Варлаам, который перевел Патрикеева из Кирилло-Белозерского в свою московскую обитель. Вскоре он стал одним из самых влиятельных людей при дворе. Между ним и Иосифом Волоцким возникли жаркие споры о судьбах церковного землевладения.
Особый колорит борьбе внутри Церкви придавало участие в ней греков. С Афона для помощи в переписывании церковных книг прибыл Максим Грек, который долго не вмешивался в церковные распри. Но в 1522 году он подверг критике процедуру избрания московского митрополита Даниила, что и изменило отношение к нему властей. Таким образом, внутрицерковный конфликт осложнился борьбой за автокефалию и против нее – ведь Максим Грек хотел вернуть Русскую Церковь в лоно греческой. В этой ситуации великокняжеская власть сделала свой выбор: стала на сторону сильной ортодоксальной Церкви. Это не замедлило сказаться: митрополит Даниил в 1531 г. добился суда над Вассианом Патрикеевым и повторного розыска о провинностях Максима Грека. Вассиана заточили в Иосифо-Волоколамский монастырь, а Максима Грека – в тверской Отроч монастырь.
Внутренняя политика в 30—50-е годы XVI в. 3 декабря 1533 года Василий III умер. Трехлетний Иван был незамедлительно объявлен новым великим князем. Недолгое правление его матери Елены Глинской как бы сконцентрировало все дальнейшие деяния власти, которые можно с изрядной долей условности назвать «реформами». Елена боролась со знатью, уничтожив удельного правителя Андрея Старицкого, засадив в тюрьму и собственного дядю – Михаила Львовича Глинского.
Энергичная правительница озаботилась местным самоуправлением. На выборных дворян – губных старост была возложена обязанность бороться с «ведомыми лихими людьми», т. е. преступниками-рецидивистами. Не менее болезненной была проблема денежного обращения. Необходимо было унифицировать монетную систему. Основой новой денежной единицы стала новгородская деньга, которая получила название «копейка», поскольку на ней было изображение всадника с копьем (на старой московской монете «саблянице» – с саблей).
В 1538 году Елена Глинская умерла. Ходили слухи, что она была отравлена. Бояре поспешили возродить систему опеки над Иваном IV, власть оказалась в руках боярских правительств, сменявших друг друга. Постоянно росло влияние Боярской думы, усиливалась приказная система, Казна и дворцовые учреждения. На первую половину 1540-х годов приходится второй крупный этап описания земель: были описаны многие уезды Центра, а несколько ранее – северные и северно-западные земли.
Все-таки свою роль боярские перевороты сыграли, но скорее «от противного», другими словами, они показали, как не должно быть в той еще только проектируемой «идеальной модели» Российского государства. И уж на кого они оказали неизгладимое впечатление, так это на великого князя Ивана Васильевича.
Впоследствии он ярко описал свои детские страдания. На основании этих писем В. О. Ключевский создал знаменитый психологический портрет Ивана-ребенка, потрясенного дикими сценами боярского своеволия и насилия. По мысли современного исследователя Р.Г. Скрынникова, в отроческие годы попустительство наносило воспитанию Ивана больший ущерб, чем мнимая грубость бояр. Как бы то ни было, характер у будущего самодержца формировался своеобразный и для окружающих небезопасный: в 12 лет он забирался на крышу терема и спихивал «со стремнин высоких» кошек и собак, а в 14 лет «начал человеков ураняти».
В 1547 году он был венчан на царствие. Затем последовала женитьба новоиспеченного царя на Анастасии Захарьиной. Теперь Иван Васильевич стал не просто старшим из князей, но царем: этот титул считали равным императорскому: так называли византийских императоров и ханов Золотой Орды. Российский монарх выступал как бы наследником этих двух почивших гигантов средневековья.
