Перед лицом нового наступления белых большевики и махновцам согласились на передышку в их взаимной жестокой войне. 1 октября, после предварительного соглашения о прекращении военных действий с красными, Махно в обращении к действующим на Украине повстанцам призвал их прекратить боевые действия против большевиков: «оставаясь безучастными зрителями, украинские повстанцы помогли бы воцарению на Украине либо исторического врага – польского пана, либо опять царской власти, возглавляемой германским бароном». 2 октября было подписано соглашение между правительством Советской Украины и Советом махновцев. В соответствии с соглашением между махновцами и красной армией прекращались военные действия, на Украине объявлялась амнистия анархистам и махновцам, они получали право на пропаганду своих идей без призывов к насильственному свержению советского правительства, на участие в Советах и в выборах на V Съезд советов Украины, намеченных на декабрь. Стороны взаимно обязались не принимать дезертиров. Махновская армия переходила в оперативное подчинение советскому командованию с условием, что «сохраняет внутри себя установленный ранее распорядок».
26–27 октября красные и махновцы перешли в наступление, 1 Конная армия, переправившись у Каховки, нанесла удар во фланг и тыл «Русской армии», остатки которой откатились в Крым. Махно, который был серьезно ранен еще в августе 1920 г., остаться в Гуляй-поле, а лучшие силы махновцев под командованием С. Каретникова двинулись в сторону Крыма.
Белые надеялись удержаться на укреплениях Перекопского перешейка, но не смогли выдержать внезапного удара махновцев и красных со стороны Сиваша. Они не думали, что значительные силы противника смогут пройти через это ледяное болото. После ожесточенных боев на Литовском полуострове, на Перекопе и под Юшунью 8–11 ноября оборона Врангеля рухнула. Остатки «Русской армии» 14 ноября покинули Крым, и 15 ноября Красная армия вошла в Севастополь. В Крыму развернулся террор против сторонников белого движения, которые не успели эвакуироваться.
После победы над белыми 26 ноября 1920 г. красные внезапно напали на махновцев. Однако Махно сумел уйти из-под удара в Гуляй-поле. Войскам М. Фрунзе, опираясь на многократный перевес в силах, удалось окружить Махно в Андреевке, но 16 декабря Махно прорвался на оперативный простор. Однако ему пришлось уйти на Правобережье Днепра, где у махновцев не было достаточной поддержки населения, и где большим влиянием пользовались петлюровцы. В ходе тяжелых боев в январе-феврале 1921 г. махновцы прорвались в родные места.
Весной 1921 г. на Украине партизанило около 160 отрядов самой разной направленности от петлюровцев до анархистов общей численностью около 40 тысяч бойцов. За иск лючением армии Ма хно, они насчитывали от нескольких десятков до тысячи человек.
В мае 1921 г. Махно двинулся в новый рейд на север. Несмотря на то, что был восстановлен штаб единой армии, силы махновцев были распылены, Махно смог сосредоточить для действий на Полтавщине лишь 1300 бойцов. В конце июня – начале июля М. Фрунзе нанес махновской ударной группе чувствительное поражение в районе рек Сулла и Псел. После объявления НЭПа ослабевала поддержка повстанцев со стороны крестьян. Махно с небольшим отрядом прорвался через всю Украину к румынской границе и 28 августа 1921 г. переправился через Днестр в Бессарабию.
К осени 1921 г. было разгромлено большинство других повстанческих отрядов. Последней попыткой разжечь гражданскую войну на Украине стал «второй зимний поход» петлюровцев во главе с Ю. Тютюнником. Три колонны самостийников вторглись на территорию Советской Украины из Польши и Румынии 19 октября – 4 ноября. Тютюнник ворвался в Коростень, но был тут же выбит оттуда 17 ноября, после чего был полностью разгромлен Котовским и бежал назад в Польшу.
В апреле 1922 г. была объявлена амнистия всем повстанцам, кроме Махно, Петлюры и Тютюнника. В это время отдельные отряды в несколько сотен бойцов (Орла, Коха, Хмары и др.) общей численностью около 2 тысяч еще действовали в Подольской губернии. В других губерниях оставалось по несколько сотен повстанцев. Вспыхивали отдельные восстания против сбора продналога в условиях голода. Но после провозглашения НЭПа повстанчество агонизировало, и к осени было фактически ликвидировано. В сентябре в Польшу ушел один из последних командиров Я. Гольчевский (Орел).
