Варшавская неудача никак не отразилась на военной карьере Егорова, так же как и Тухачевского. После заключения 12 октября 1920 года советско-польского перемирия в Риге он продолжал командовать Юго-Западным фронтом, в состав которого была возвращена из Западного фронта 12-я армия. 10 ноября 1920 года, после прорыва перекопских укреплений Врангеля, главком подписал директиву Западным и Юго-Западным фронтам о начале наступления против отрядов Петлюры на Украине и Булак-Балаховича и Савинкова в Белоруссии. Эти отряды были сосредоточены в установленной перемирием нейтральной зоне — территории между линией наибольшего продвижения польской армии и линией предварительно согласованной советско-польской границы. С.С. Каменев отмечал, что «в нейтральной зоне, согласно договору, должно быть наше административное управление» и что «польское командование отказалось от ответственности за войска Булак-Балаховича и другие антисоветские отряды, действующие в нейтральной зоне». Лишенные польской поддержки, войска Украинской армии и Народно-добровольческой армии Булак-Балаховича были к концу ноября оттеснены за линию границы. Егоров все это время проболел, тяжело простудившись в плохо отапливаемом помещении штаба Юго-Западного фронта в Киеве. Фактически боевыми действиями руководил начальник штаба фронта Н.Н. Петин.
30 декабря 1920 года, учитывая «солидные теоретические познания военного дела» и командование фронтами в годы Гражданской войны, Реввоенсовет Республики причислил Егорова к Генеральному штабу. И это несмотря на то, что закончить Военную академию Александр Ильич так и не удосужился и никаких «солидных теоретических познаний» в области военного искусства ни до, ни после никак не проявил. Во всяком случае, ни одной военно-теоретической работы из-под пера Александра Ильича так и не вышло.